BioPHP

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BioPHP
Desenvolvedor Dr. Joseba Bikandi (primeiro desenvolvedor)
Escrito em PHP
Sistema operacional Multiplataforma
Gênero(s) Bioinformática
Licença GNU GPL versão 2.
Página oficial BioPHP.org

BioPHP é um pacote de código aberto em PHP, com classes para a análise de seqüências de ADN e proteínas, alinhamento, análise sintática de bancos de dados, e outras ferramentas de Bioinformática.

A biblioteca de softwares BioPHP tem sido usada no desenvolvimento de projetos em bioinformática1 2 3 . Ela também é usada em conjunto com outras ferramentas como o BioPerl4 . Uma importante ferramenta da biblioteca é a PCR amplification, para teste de iniciadores (primers) in silico5 .

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Projetos[editar | editar código-fonte]

Quatro tipos de projetos estão disponíveis até o momento:

  • GenePHP: reescrita ou tradução de BioPerl para PHP.
  • Funções: códigos que podem ser incluídos em outros projetos.
  • Miniferramentas (Minitools): um conjunto de scripts fo tipo copiar-e-colar para a realização de pequenas tarefas.
  • Ferramentas (Tools): scripts multipáginas para requerimentos especiais.


Ver também[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. Shameer, Khader ; Madan, Lalima L; Veeranna, Shivamurthy ; Gopal, Balasubramanian; Sowdhamini, Ramanathan. (2010-09-22). "PeptideMine - A webserver for the design of peptides for protein-peptide binding studies derived from protein-protein interactomes". BMC Bioinformatics 11 p. 473. DOI:doi:10.1186/1471-2105-11-473. ISSN 1471-2105.
  2. Doddapaneni, H.;Lin, H.; Walker M.A.; Yao, J.;Civerolo, E.L.. (2008-2-28). "VitisExpDB: A database resource for grape functional genomics". BMC Plant Biology 8 p. 23. DOI:doi:10.1186/1471-2229-8-23. ISSN 1471-2229.
  3. He, J; Dai, X; Zhao, X. (2007-2-9). "PLAN: a web platform for automating high-throughput BLAST searches and for managing and mining results". BMC Bioinformatics 8 p. 53. DOI:doi:10.1186/1471-2105-8-53. ISSN 1471-2105.
  4. He, Ji; Benedito, Vagner A; Wang, Mingyi; Murray, Jeremy D.; Zhao, Patrick X.; Tang, Yuhong; Udvardi, Michael K.. (2009). "The Medicago truncatula gene expression atlas web server". BMC Bioinformatics 10 p. 441. DOI:doi:10.1186/1471-2105-10-441. ISSN 1471-2105.
  5. Guerrero, Darío; bautista, Rocío; Villalobos, David P.; Cantón, Francisco R. Claros, M.. (2010-06-02). "AlignMiner: a Web-based tool for detection of divergent regions in multiple sequence alignments of conserved sequences". Algorithms for Molecular Biology 5 (1) p. 24. DOI:doi:10.1186/1748-7188-5-24. ISSN 1748-7188.

Ligações externas[editar | editar código-fonte]