Durante toda sua carreira, defendeu um único clube, o Bolívar, tendo sido revelado nas categorias de base da agremiação. Estreou profissionalmente em 1977, com 20 anos de idade. A partir daquele momento, iniciara-se uma carreira de vinte anos ao serviço do Bolívar, encerrada em 1997, quando Borja já estava com 40 anos. Foi onze vezes campeão nacional.
Além do Bolívar, o outro time que o meia defendeu foi a Seleção Boliviana, estreando pelos verdes em 1979. Com a camisa da Bolívia, Borja jogou 88 partidas e marcou um gol, contra o Uruguai, em 1987.
Borja esteve em três edições da Copa América e na Copa de 1994, a primeira disputada pela Bolívia depois de 44 anos ausente.[1]
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