EMBOSS

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European Molecular Biology Open Software Suite
EMBOSS
Desenvolvedor Peter Rice, Alan Bleasby, Jon Ison, Mahmut Uludag, Tim Carver e Lisa Mullan (principais desenvolvedores)
Versão estável 6.4.0 (15 de julho de 2011; há 175 semanas e 5 dias)
Sistema operacional Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s) Bioinformática
Licença Licenças GPL e LGPL
Página oficial emboss.sourceforge.net

EMBOSS é um acrônimo para European Molecular Biology Open Software Suite. EMBOSS é um pacote de análise de código aberto especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários da biologia molecular e da bioinformática.[1] O software automaticamente lida com dados em uma variedade de formatos e até mesmo permite a recuperação transparente de dados de seqüências a partir da web. Além disso, como bibliotecas extensas são fornecidas com o pacote, é uma plataforma que permite que outros cientistas desenvolvam e lançem softwares em um verdadeiro espírito de código aberto. EMBOSS também integra uma variedade de pacotes atualmente disponíveis e ferramentas para análise de seqüências em um conjunto harmonioso.

O EMBOSS permite a integração com uma ampla gama de pacotes e ferramentas existentes como o BLAST e o ClustalW[2] .

O pacote EMBOSS contém uma variedade de aplicações para alinhamento de sequências, busca rápida em banco de dados com padrões de seqüência, identificação de estruturas secundárias de proteínas (protein motif) (incluindo a análise de domínio), e muito mais.

Grupos de aplicação EMBOSS[editar | editar código-fonte]

PEPWHEEL, uma ferramenta do EMBOSS, analisando a estrutura proteica de uma alfa-hélice proteica.
Grupo Descrição
Acd utilitário de arquivo Acd
Alignment consensus Funde seqüências para obter um consenso
Alignment differences Encontra diferenças entre as seqüências
Alignment dot plots Comparações de seqüências tipo dot plot
Alignment global Alinhamento global de seqüências
Alignment local Alinhamento local de seqüências
Alignment multiple Alinhamento múltiplo de seqüências
Display Mostra seqüências
Edit Edita seqüências
Enzyme kinetics Calcula parametros de cinética enzimática
Feature tables Ferramentas de anotacão
HMM Análise de modelo oculto de Markov
Information Ajuda geral e informacão
Menus Interfaces de Menus
Nucleic 2d structure Estrutura secundária de ácidos nucléicos
Nucleic codon usage Uso de códons
Nucleic composition Composição de nucleótidos de um ácido nucleico
Nucleic CpG islands Detecção de ilhas CpG e análise
Nucleic gene finding Predição de genes e outras características genômicas
Nucleic motifs Busca de motivos em ácidos nucleicos
Nucleic mutation Mutação de ácidos nucleicos
Nucleic primers Predição de iniciadores (primers)
Nucleic profiles Geração de perfis de ácidos nucleicos
Nucleic repeats Detecção de repeticões em ácidos nucleicos
Nucleic restriction Análise de restrição em seqüências de nucleótidos
Nucleic RNA folding Análise e métodos de dobramento de ARN
Nucleic transcription Fatores de transcrição, promotores e previsão de terminadores
Nucleic translation Tradução de seqüência de nucleotídeos para seqüências de proteínas
Phylogeny consensus Métodos de filogenia por consenso
Phylogeny continuous characters Métodos de filogenia por carácter continuo
Phylogeny discrete characters Métodos de filogenia por carácter discreto
Phylogeny distance matrix Métodos de filogenia por matriz de distâncias
Phylogeny gene frequencies Métodos de filogenia por freqüência genica
Phylogeny molecular sequence Análise de seqüências e filogenia
Phylogeny tree drawing Desenho de árvores filogenéticas
Protein 2d structure Estrutura secundária das proteínas
Protein 3d structure Estrutura terciária das proteínas
Protein composition Composição de seqüências proteicas
Protein motifs Búsca de motivos proteicos
Protein mutation Mutação de proteínas
Protein profiles Busca en perfis de proteínas
Test Ferramentas de teste, não para uso geral
Utils database creation Instalação de bases de dados
Utils database indexing Indexação de bases de dados
Utils misc Ferramentas utilitárias

Ver também[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. Rice P, Longden I, Bleasby A. (2000). "EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite". Trends in Genetics 16 (6) p. 276–277. DOI:10.1016/S0168-9525(00)02024-2. PMID 10827456.
  2. Markel, Scott; León, Darryl. Sequence Analysis. Beijing: O'Reilly, 2003. Capítulo 12 - Emboss. 286 pp. p. 73-241. ISBN 0-596-00494-X.

Ligações externas[editar | editar código-fonte]