PAUP

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Phylogenetic Analysis Using Parsimony
Desenvolvedor David L Swofford
Escrito em C
Sistema operacional Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s) Bioinformática
Página oficial PAUP* 4.0

PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) é um programa de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias), escrito por David L. Swofford. Originalmente, como o nome indica, PAUP implementava apenas o método da máxima parcimônia, mas a partir da versão 4.0 (quando o programa ficou conhecido como PAUP*) ele também passou a suportar os métodos de matriz de distâncias e de máxima verossimilhança. A versão 3.0 funciona em computadores Macintosh e suporta uma interface gráfica rica e amigável. Juntamente com o programa MacClade[1] , com o qual compartilha o formato de dados NEXUS[2] , PAUP é o programa preferido de muitos filogeneticistas[3] .

A versão 4.0 adicionou suporte para as plataformas Windows (interface gráfica e linha de comando) e Unix (linha de comando apenas). No entanto, a interface gráfica do usuário para a versão Macintosh requer o ambiente Classic, que já não é suportado pelo Mac OS X 10.5 e versões posteriores. Há uma versão de linha de comando do PAUP* para Macs baseados em Intel.

Ver também[editar | editar código-fonte]

Ligações externas[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. D R Maddison & W. P. Maddision. MacClade 4: Analysis of Phylogeny and Character Evolution. [S.l.: s.n.]. ISBN 0-87893-470-7.
  2. Maddison, D. R.; Swofford, D. L.; Maddison, W. P.. (1997). "NEXUS: an extensible file format for systematic information.". Systematic biology 46 (4) p. 590–621. DOI:10.1093/sysbio/46.4.590. ISSN 1063-5157. PMID 11975335.
  3. Hall, Barry G.. Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To manual for Molecular Biologists (em inglês). Sunderland, massachusetts: Sinauer, 2001. 179 pp. ISBN 0-87893-311-5.