Phyloscan

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Phyloscan
Desenvolvedor Wadsworth Center, New York State Department of Health
Lançamento 14 de março de 2005; há 506 semanas e 5 dias
Versão estável 2.2 (28 de janeiro de 2010; há 252 semanas e 2 dias)
Sistema operacional Multiplataforma
Gênero(s) Bioinformática
Página oficial phyloscan

Phyloscan[1] [2] é um serviço web service para análise de seqüências de ADN que é livre e aberto a todos usuários (sem necessidade de login).

Para a localização de pareamentos de seqüências motivo especificadas pelo usuário para um sítio de ligação regulatório, Phyloscan fornece uma varredura estatisticamente sensível de seqüência mistas de ADN alinhados e não alinhados fornecidas pelo usuário. A força do Phyloscan é que ele reúne

  • O método Staden[3] para computação da significância estatística,
  • O "modelo de motivo de filogenética" funcionalidade de digitalização do software MONKEY[4] este modela relacionamentos evolutivos entre seqüências alinhadas,
  • O uso do método Bailey & Gribskov[5] para combinar as estatísticas não-alinhadas em seqüência de dados, e
  • A técnica Neuwald & Green[6] para combinar estatísticas em vários sítios de ligação encontrados dentro de uma única região do gene promotor.

Ver também[editar | editar código-fonte]

Ligações externas[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. Palumbo, M.J.; Newberg, L.A.;. (Julho 2010). "Phyloscan: locating transcription-regulating binding sites in mixed aligned and unaligned sequence data". Nucleic Acids Research 38 (Web server issue) p. W268–W274. DOI:10.1093/nar/gkq330. PMID 20435683.
  2. Carmack, C.S.; McCue, L.A.;Newberg, L.A.; Lawrence, C.E.. (Janeiro 2007). "PhyloScan: identification of transcription factor binding sites using cross-species evidence". Algorithms for Molecular Biology 2 (1). DOI:10.1186/1748-7188-2-1. PMID 17244358.
  3. Staden, R.. (Abril 1989). "Methods for calculating the probabilities of finding patterns in sequences". Computer Applications in the Biosciences 5 (2) p. 89–96. DOI:10.1093/bioinformatics/5.2.89. PMID 2720468.
  4. Moses. A.M.; Chiang, D.Y.; Pollard, D.A.; Iyer, V. N.; Eisen, M.B.. (Novembro 30 2004). "MONKEY: identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model". Genome Biology 5 (12) p. R98. DOI:10.1186/gb-2004-5-12-r98. PMID 15575972.
  5. Bailey, T.L.; Gribskov, M.. (Verão 1998). "Methods and statistics for combining motif match scores". Journal of Computational Biology 5 (2) p. 211–221. DOI:10.1089/cmb.1998.5.211. PMID 9672829.
  6. Neuwald, A.F.; Green, P.. (Junho 24 1994). "Detecting patterns in protein sequences". Journal of Molecular Biology 239 (5) p. 698–712. DOI:10.1006/jmbi.1994.1407. PMID 8014990.