PathVisio
PathVisio
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PathVisio é um software aberto de desenho e análise de vias. Permite desenhar, editar e analisar vias biológicas. Pode-se, por exemplo, utilizar o software para visualizar dados experimentais para encontrar vias relevantes que estão super-representadas.[1][2][3]
PathVisio fornece um conjunto básico de recursos para desenho, análise e visualização de vias.[4][5] Recursos adicionais estão disponíveis como plug-ins.
História[editar | editar código-fonte]
A PathVisio foi criada principalmente na Universidade de Maastricht e nos Institutos Gladstone.[6] O software é desenvolvido em Java e também é usado como parte do framework WikiPathways como um miniaplicativo.[7]
Recursos[editar | editar código-fonte]
- Desenho e anotação de vias[8]
- Análise de vias[9]
- Integração com WikiPathways para fácil edição / publicação
- Integração com Cytoscape[10]
- Integração com outras linguagens de programação via PathVisioRPC[11]
Referências
- ↑ «What is PathVisio?». Consultado em 19 de setembro de 2013
- ↑ van Iersel, Martijn P; Kelder, Thomas; Pico, Alexander R; Hanspers, Kristina; Coort, Susan; Conklin, Bruce R; Evelo, Chris (2008). «Presenting and exploring biological pathways with PathVisio». BMC Bioinformatics. 9. 399 páginas. ISSN 1471-2105. PMC 2569944
. PMID 18817533. doi:10.1186/1471-2105-9-399
- ↑ Kutmon, Martina; van Iersel, Martijn P.; Bohler, Anwesha; Kelder, Thomas; Nunes, Nuno; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T.; Murphy, Robert F. (23 de fevereiro de 2015). «PathVisio 3: An Extendable Pathway Analysis Toolbox». PLOS Computational Biology. 11: e1004085. PMC 4338111. doi:10.1371/journal.pcbi.1004085
- ↑ Jaiswal, Pankaj; Usadel, Björn (2016). «Chapter 4: Plant Pathway Databases». Plant Bioinformatics. [S.l.]: Springer. pp. 71–87. ISBN 978-1-4939-3166-8
- ↑ Habermann, Bianca; Villaveces, Jose; Koti, Prasanna (junho de 2015). «Tools for visualization and analysis of molecular networks, pathways, and -omics data». Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry. 11 páginas. PMC 4461095. doi:10.2147/AABC.S63534
- ↑ «About/Core development team». Consultado em 10 de fevereiro de 2014
- ↑ Pico, AR; Kelder T; van Iersel MP; Hanspers K; Conklin BR; et al. (22 de julho de 2008). «WikiPathways: Pathway Editing for the People». PLoS Biology. 6: e184. PMC 2475545. PMID 18651794. doi:10.1371/journal.pbio.0060184. Consultado em 19 de setembro de 2013
- ↑ «Tutorial 1: Drawing and annotating pathways in PathVisio»
- ↑ «Tutorial 2: Analyzing experimental data in PathVisio (data import, visualization and statistics)»
- ↑ Kutmon, Martina; Lotia, Samad; Evelo, Chris T; Pico, Alexander R (2014). «WikiPathways App for Cytoscape: Making biological pathways amenable to network analysis and visualization». F1000Research. ISSN 2046-1402. PMC 4168754. doi:10.12688/f1000research.4254.1
- ↑ Bohler, Anwesha; Eijssen, Lars M T; van Iersel, Martijn P; Leemans, Christ; Willighagen, Egon L; Kutmon, Martina; Jaillard, Magali; Evelo, Chris T (2015). «Automatically visualise and analyse data on pathways using PathVisioRPC from any programming environment». BMC Bioinformatics. 16. PMC 4546821. PMID 26298294. doi:10.1186/s12859-015-0708-8
