O Alto Acre foi fundado no dia 31 de março de 2009, criado para representar os municípios da região do Alto Acre (Capixaba, Assis Brasil, Brasiléia, Epitaciolândia e Xapuri).[3] No entanto, uniformes, distintivo e cores oficiais só foram determinados no ano seguinte,[4] quando o clube adquiriu o status de "clube profissional" e garantiu sua participação na primeira divisão do Campeonato Acriano.[5] Terminou em quinto lugar.
Em 2011, o Alto Acre terminou o campeonato estadual na sétima colocação, com a segunda pior campanha, fazendo o mesmo número de gols do último colocado: apenas 13. Em 2012, piorou o seu rendimento e caiu para a segunda divisão do estadual. Em 2013 o clube disputou a série A mesmo caindo no ano atrás pois um clube foi banido da competição. Nesse Ano o clube ficou na 6ª posição e no ano de 2014 em 7º lugar.
Entretanto, o Independência desistiu de disputar a primeira divisão acreana de 2013. Com isso, o Papagaio da fronteira retornou à segunda divisão.
Escudo antigo
Em 2017 pelo Campeonato Acreano o Alto Acre foi rebaixado para a segunda divisão do campeonato, o papagaio da fronteira não fez uma boa temporada perdendo todos os jogos no campeonato