O Cruzeiro de Pendotiba alcançou destaque no futebol niteroiense nas décadas de 1950, conquistando o Campeonato Niteroiense de 1952, ao vencer o Oliveiras Atlético Clube no desempate, e o Torneio Início de 1953, consolidando-se como uma das principais forças locais do período.[6]
O Cruzeiro fez a sua melhor campanha em estaduais de toda a sua história no ano de 1955, quando disputou o antigo Campeonato Fluminense. Entrou na vaga do Fluminense Atlético Clube, que vencera o Campeonato Niteroiense no mesmo ano, mas resolvera abandonar as disputas profissionais.[1] O Cruzeiro, portanto, o substituiu, caindo no mesmo grupo de Barra Mansa Futebol Clube e Frigorífico Atlético Clube, à época duas grandes agremiações do centro-sul fluminense. Por pouco o time não chega à final. Acabou em 2º no grupo, liderado pelo Barra Mansa, que perderia a decisão para o Goytacaz Futebol Clube, o campeão daquele ano.[1][2][3]
A agremiação ainda jogaria o Campeonato Fluminense de 1957 e 1961, participando do grupo que incluía clubes da mesma cidade. Após a fusão dos antigos estados do Rio de Janeiro e Guanabara, disputou em 1979 a chamada Divisão de Acesso, a então Segunda Divisão de Profissionais, vencida pelo Friburgo Football Club. O Cruzeiro não fez boa campanha na competição, ficando na 7ª colocação entre dez agremiações.[1][2][3] No mesmo ano de 1979 consegue o seu título mais importante, o de campeão estadual (categoria Juvenil) da Divisão de Acesso da FERJ.[1][3][4] Em 1980, se licencia das competições, voltando em 1981 para a disputa da Terceira Divisão de Profissionais. O retrospecto contudo não é dos melhores. O time é o último colocado entre oito participantes.[1][3]
Em 1982, advém um novo período de inatividade que é interrompido em 1983, quando retorna à Terceira Divisão. Fica apenas em quinto na sua chave, penúltimo, atrás somente do Esporte Clube Costeira, sendo precocemente eliminado do campeonato. Em 1984, novamente na Terceira Divisão, fica em quarto lugar na sua chave, composta de seis agremiações, não logrando classificação para a fase seguinte. Em 1985, de novo na Terceira Divisão, o Cruzeiro novamente faz uma campanha irregular na primeira fase sendo logo eliminado. Foi apenas o quinto de sua chave, composta de sete times.[1][3]
Em 1986, se classifica em terceiro na fase preliminar em sua chave. Na fase final é apenas o oitavo colocado. Advém um novo período de interrupção das atividades que perdura até 1989, quando a equipe enfim retorna ao Campeonato Estadual da Terceira Divisão de Profissionais. Fica apenas em quinto lugar em uma chave composta de nove agremiações, não conseguindo a classificação para a fase seguinte. Após essa disputa, o clube fica novamente alguns anos sem disputar campeonatos até retornar em 1995 à chamada Terceira Divisão, que na prática era uma Quarta. A campanha é boa. O clube consegue chegar à fase final do campeonato, ficando na sexta colocação. Tio Sam Esporte Clube e Belford Roxo Futebol Clube são os promovidos.[1][3] Acontece um novo período de ausência que perdura até 1998 quando o Cruzeiro retorna ao Campeonato Estadual da Quarta Divisão, alcançando o vice-campeonato, ao perder a final para o Esporte Clube Anchieta. Foi o último ano do Cruzeiro em campeonatos profissionais.[1][3][4]
Desde então não disputa mais competições de âmbito profissional, participando, no entanto, dos certames da Liga Niteroiense de Desportos, sendo um dos clubes fundadores e conquistando inúmeros títulos de diversas categorias, formando atletas de categoria para clubes do Brasil inteiro.[1][3][4][7]
