Em 1943, Marcel Saupin, dirigente de um clube pequeno de Nantes, propôs uma fusão entre todos os clubes da cidade para trazer sucesso ao esporte local. É fundado então o Football Club de Nantes, que, com o término da Segunda Guerra Mundial, que paralisou as competições nacionais da França, ingressa na segunda divisão do país, obtendo um digno 5º lugar na sua temporada de estreia.
Embora as expectativas fossem grandes, o clube permaneceu na divisão por dezoito anos, até que, com o vicecampeonato em 1962-63, conseguiu acesso à elite do futebol nacional. Logo nas três primeiras temporadas, é bicampeão francês, e passa a ser reconhecido e respeitado. O sucesso continuou, com mais quatro títulos nacionais e um da Copa da França, além de uma Copa da Liga Francesa. Em vinte anos, o Nantes se sagrou o segundo maior campeão do país, junto ao Stade de Reims.
Em 1994-95, após onze anos sem um título, o maior jejum de sua história desde o acesso à Ligue 1, conquistou seu sétimo certame nacional, o que antecederia mais uma época vitoriosa em sua trajetória, quando foi bicampeão consecutivo da Copa da França em 1998-99 e 1999-2000, e conquistou seu oitavo título da Ligue 1 no ano seguinte.
Para se ter ideia da tradição do FC Nantes no Campeonato Francês, o clube ficou abaixo da 10º posição, de 1963 até 2000, apenas quatro vezes. Porém, nos anos 2000, com três campanhas ruins, foi rebaixado pela primeira vez em sua história, em 2006-07, quando ficou na última posição do certame nacional. Retornou no ano seguinte apenas para sucumbir mais uma vez, em 2008-09. Na temporada seguinte, não conseguiu acesso e disputará, em 2010-11, novamente a segunda divisão francesa.
Na temporada 2012/2013 garantiu acesso para a primeira divisão, ficando em terceiro lugar.
Temporada atual
: Capitão
: Jogador lesionado
: Jogador suspenso
Maxime Dupé
Ciprian Tătărușanu
Diego Carlos
Guillaume Gillet
Abdul Majeed Waris
Mariusz Stępiński
Antonio Mance
Vahid Halilhodžić
Emiliano Sala - atacante 2015–2019
