Proteína homóloga

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Proteínas homólogas são proteínas que derivam de um "ancestral comum". Podem estar presentes numa mesma espécies, tendo derivado por duplicação de genes no genoma de um organismo, por paralogia; ou em espécies diferentes, estando o ancestral comum da proteína presente na espécie ancestral comum às duas espécies.

Recursos sobre superfamílias de proteínas[editar | editar código-fonte]

Varias bases de dados biológicas documentam as superfamílias proteicas e enovelamentos proteicos; como por exemplo:

  • Pfam - Base de dados de famílias proteicas de alinhamentos e de HMMs[1]
  • PROSITE - Base de dados de domínios de proteínas, famílias e sítios funcionais[2]
  • InterPro - SuperFamily Classification System[3]
  • PASS2 - Protein Alignment as Structural Superfamilies v2
  • SUPERFAMILY - Biblioteca de HMMs que representa superfamílias e bases de dados de anotações (superfamílias e famílias) para todos os organismos totalmente sequenciados[4]
  • SCOP e CATH - Classificações de estruturas de proteínas em superfamílias, famílias e domínios[5][6]

Igualmente, existe algoritmos que obtém no PDB proteínas com homologia estrutural com uma estrutura central dada; por exemplo:

  • DALI - Alinhamento estrutural baseado num método de matriz de alinhamento de distância.[7]


Referências

  1. Finn, Robert D.; Mistry, Jaina; Tate, John; Coggill, Penny; Heger, Andreas; Pollington, Joanne E.; Gavin, O. Luke; Gunasekaran, Prasad; Ceric, Goran (January 2010). «The Pfam protein families database». Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D211–222. ISSN 1362-4962. PMC PMC2808889Acessível livremente Verifique |pmc= (ajuda). PMID 19920124. doi:10.1093/nar/gkp985  Verifique data em: |data= (ajuda)
  2. Sigrist, Christian J. A.; Cerutti, Lorenzo; de Castro, Edouard; Langendijk-Genevaux, Petra S.; Bulliard, Virginie; Bairoch, Amos; Hulo, Nicolas (January 2010). «PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation». Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D161–166. ISSN 1362-4962. PMC PMC2808866Acessível livremente Verifique |pmc= (ajuda). PMID 19858104. doi:10.1093/nar/gkp885  Verifique data em: |data= (ajuda)
  3. Finn, Robert D.; Attwood, Teresa K.; Babbitt, Patricia C.; Bateman, Alex; Bork, Peer; Bridge, Alan J.; Chang, Hsin-Yu; Dosztányi, Zsuzsanna; El-Gebali, Sara (4 de janeiro de 2017). «InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations». Nucleic Acids Research. 45 (D1): D190–D199. ISSN 1362-4962. PMC PMC5210578Acessível livremente Verifique |pmc= (ajuda). PMID 27899635. doi:10.1093/nar/gkw1107 
  4. Wilson, Derek; Pethica, Ralph; Zhou, Yiduo; Talbot, Charles; Vogel, Christine; Madera, Martin; Chothia, Cyrus; Gough, Julian (January 2009). «SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny». Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D380–386. ISSN 1362-4962. PMC PMC2686452Acessível livremente Verifique |pmc= (ajuda). PMID 19036790. doi:10.1093/nar/gkn762  Verifique data em: |data= (ajuda)
  5. Lo Conte, L.; Ailey, B.; Hubbard, T. J.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (1 de janeiro de 2000). «SCOP: a structural classification of proteins database». Nucleic Acids Research. 28 (1): 257–259. ISSN 0305-1048. PMID 10592240 
  6. Dawson, Natalie L.; Lewis, Tony E.; Das, Sayoni; Lees, Jonathan G.; Lee, David; Ashford, Paul; Orengo, Christine A.; Sillitoe, Ian (4 de janeiro de 2017). «CATH: an expanded resource to predict protein function through structure and sequence». Nucleic Acids Research. 45 (D1): D289–D295. ISSN 1362-4962. PMC PMC5210570Acessível livremente Verifique |pmc= (ajuda). PMID 27899584. doi:10.1093/nar/gkw1098 
  7. Holm, L.; Sander, C. (2 de agosto de 1996). «Mapping the protein universe». Science (New York, N.Y.). 273 (5275): 595–603. ISSN 0036-8075. PMID 8662544 
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