Proteína homóloga

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Proteínas homólogas são proteínas que derivam de um "ancestral comum". Podem estar presentes numa mesma espécies, tendo derivado por duplicação de genes no genoma de um organismo, por paralogia; ou em espécies diferentes, estando o ancestral comum da proteína presente na espécie ancestral comum às duas espécies.

Recursos sobre superfamílias de proteínas[editar | editar código-fonte]

Varias bases de dados biológicas documentam as superfamílias proteicas e enovelamentos proteicos; como por exemplo:

  • Pfam - Base de dados de famílias proteicas de alinhamentos e de HMMs
  • PROSITE - Base de dados de domínios de proteínas, famílias e sítios funcionais
  • PIRSF - SuperFamily Classification System
  • PASS2 - Protein Alignment as Structural Superfamilies v2
  • SUPERFAMILY - Biblioteca de HMMs que representa superfamílias e bases de dados de anotações (superfamílias e famílias) para todos os organismos totalmente sequenciados
  • SCOP e CATH - Classificações de estruturas de proteínas em superfamílias, famílias e domínios

Igualmente, existe algoritmos que obtém no PDB proteínas com homologia estrutural com uma estrutura central dada; por exemplo:

  • DALI - Alinhamento estrutural baseado num método de matriz de alinhamento de distância.

Referências[editar | editar código-fonte]

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