Ao longo dos tempos os arredores de Óbidos foram muito procurados para a implantação de ordens religiosas. Os Franciscanos Arrábidos foram os que conseguiram sobreviver.

Data do século XVI a sua implantação, tendo sido a 29 de Setembro de 1569 (dia do Arcanjo S. Miguel), lançada a primeira pedra para o seu convento, que, segundo dados escritos, foi seu fundador o Cardeal Infante D. Henrique. A construção foi instituída no Arelho, sendo um edifício muito pobre, mas em tudo seguindo os exemplos da tipologia geral da Ordem. Os monges davam uma verdadeira imagem de “pobreza franciscana”.

Os frades arrábidos fazem a sua entrada em Portugal no século XVI, sendo o primeiro convento instituído na Serra da Arrábida, fornecendo-lhes, para além do nome, uma tipologia de lugares preferenciados a habitar.

Voltando ao convento do Arelho, tinha quase tudo para estar no local ideal. Isolado, mas não em demasia, pois os frades para sobreviverem pediam nas povoações vizinhas (Óbidos e arredores). Ficavam perto da Lagoa, de onde obtinham o pescado. Mas havia um senão neste lugar, as más condições climáticas, sempre sujeito às humidades marítimas que abalavam a saúde dos religiosos. Por este motivo foi feita a transferência para as Gaeiras.

O desejo é conseguido quando D. Dinis de Lencastre, Alcaide de Óbidos e Comendador da Ordem de Cristo e sua mulher D. Isabel Henriques, se propõe oferecer novo convento, dada a grande devoção que tinham pela Ordem. A oferta é aceite e os doadores compram o terreno nas Gaeiras onde hoje se situa, tendo sido iniciada a construção em 1602 e, em 1606 já se faziam ofícios religiosos na capela-mor.

Foram sempre em número reduzido os religiosos deste convento, sendo inicialmente treze e mais tarde vinte.

Ao longo dos tempos as obras de restauro sucederam-se e em 1692 é pela primeira vez reedificado. Era um edifício com as habituais dependências conventuais, ou seja, das oficinas ao dormitório, passando pela capela e respirando o bom ar puro do pátio interior ou da cerca repleta de arvoredos. A calma do lugar convidava os monges e outras pessoas para um passeio de reflexão ou para agradáveis momentos de música. O cenário era completado por horta, pomares de fruta e uma fonte de água fresca (datada de 1702).

A sua construção é tipicamente de convento franciscano. A fachada da igreja tem uma galilé coberta, situando-se ao fundo de um adro de romaria. Ladeando a porta estão dois nichos de azulejos com figuras representativas de atos religiosos, sendo à esquerda o monge franciscano-capucho, de olhos vendados, cadeado na boca e fechadura no peito e, à direita, uma representação de S. João Baptista. Sobre a janela do coro, também em azulejos, as figuras de S. Roque e S. Barnabé e, em pedra, uma escultura de S. Miguel do século XVIII. Na portaria, numa espécie de altar, um grupo de imagens de barro, em tamanho natural, representam a morte de S. Francisco e, as ombreiras e vergas das portas são lavradas por inteiro e todas diferentes. O pátio interior é pequeno e singelo, de pilares simples, com fonte central e com uma pequena capela de teto em abóboda pintada e com um altar. A igreja, de uma só nave, abóboda caleada, constituída por dois altares laterais, coro com cadeirado e púlpito, ornado de azulejos pintados a azul sobre esmalte branco, representando a vida de S. Francisco e Santo António. No retábulo do altar-mor uma pintura seiscentista representa S. Miguel, ladeada por ornamentos de talha dourada.

Festa dos Cavaleiros