AutoDock: diferenças entre revisões
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* AutoGrid para pré-cálculo dessas grades. |
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O AutoDock tem uma versão melhorada, o [[AutoDock Vina]] que tem uma melhor rotina de busca local e faz uso de configurações de computador para múltiplos núcleos/multi-CPUs<ref>{{citation |author=Trott, O.; Olson, A.J. |year=2010 |title=AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading |journal=Journal of Computational Chemistry |volume=31 |issue=2 |pages=455-461 |url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21334/abstract |doi=10.1002/jcc.21334}}</ref>. |
O AutoDock tem uma versão melhorada, o [[AutoDock Vina]] que tem uma melhor rotina de busca local e faz uso de configurações de computador para múltiplos núcleos/multi-CPUs<ref>{{citation |author=Trott, O.; Olson, A.J. |year=2010 |title=AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading |journal=Journal of Computational Chemistry |volume=31 |issue=2 |pages=455-461 |url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21334/abstract |doi=10.1002/jcc.21334}}</ref>. |
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Usage of AutoDock has contributed to the discovery of several drugs, including HIV1 integrase inhibitors. |
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O uso do AutoDock tem contribuído para a descoberta de vários fármacos, incluindo inibidores da integrase do HIV-1. |
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===Third party improvements=== |
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As an open source project, AutoDock has gained several third party improved versions such as: |
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* GPU improved calculation routines |
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Como um projeto open source, o AutoDock tem obtido várias versões melhoradas por terceiros, tais como: |
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* Rotinas de cálculo para GPU melhoradas |
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* Rotinas de cálculo para SSE melhoradas |
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* Rescoring of AutoDock Vina poses with multiple scoring functions and calibration of Consensus Scoring equations: CONSENSUS SCORING TOOLKIT http://consscortk.molsim.pharm.uoa.gr/ |
* Rescoring of AutoDock Vina poses with multiple scoring functions and calibration of Consensus Scoring equations: CONSENSUS SCORING TOOLKIT http://consscortk.molsim.pharm.uoa.gr/ |
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Revisão das 22h51min de 6 de abril de 2016
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AutoDock é um software de simulação de modelagem molecular. É especialmente eficaz para docagem de proteína-ligando. AutoDock 4 está disponível sob a licença GNU General Public License. AutoDock Vina está disponível sob a licença Apache.
Sobre
AutoDock é um dos softwares mais citados de docagem na comunidade de pesquisa. É base para o projeto FightAIDS@Home executado pela World Community Grid. Em fevereiro de 2007, uma pesquisa do Citation Index ISI mostrou que mais de 1100 publicações têm sido citadas usando os artigos com as descrições do método do AutoDock primário. A partir de 2009, este número ultrapassou 1.200.
AutoDock é atualmente mantido pelo The Scripps Research Institute e pelo Olson Laboratory.
Programas
AutoDock consiste de dois programas principais:
- AutoDock para docagem do ligando a um conjunto de grades que descrevem a proteína alvo;
- AutoGrid para pré-cálculo dessas grades.
O AutoDock tem uma versão melhorada, o AutoDock Vina que tem uma melhor rotina de busca local e faz uso de configurações de computador para múltiplos núcleos/multi-CPUs[1].
O uso do AutoDock tem contribuído para a descoberta de vários fármacos, incluindo inibidores da integrase do HIV-1.
Melhorias de terceiros
Como um projeto open source, o AutoDock tem obtido várias versões melhoradas por terceiros, tais como:
- Rotinas de cálculo para GPU melhoradas
- Rotinas de cálculo para SSE melhoradas
- Integração no âmbito dos projetos de maior dimensão: OFF-TARGET PIPELINE https://sites.google.com/site/offtargetpipeline
Referências
- ↑ Trott, O.; Olson, A.J. (2010), «AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading», Journal of Computational Chemistry, 31 (2): 455-461, doi:10.1002/jcc.21334