Foi fundado em 1918 como um time da fábrica Petrovsky. Foi renomeado "Petrovets" no ano seguinte.
O time entrou na competição Soviética sob o nome de Stal em 1936 numa das divisões inferiores. De 1949 até 1961, ficou conhecido como Metalurg Dnipropetrovsk. Em 1954, o time alcançou as meias-finais da Copa da URSS, onde perdeu para o Spartak Yerevan, da República Soviética da Armênia.
Em 1961, mudou de patrocinador, o Yugmash, que naquele tempo era uma das mais poderosas empresas da União Soviética. O patrocinador mudou o nome do time para Dnepr. Depois disso, demorou apenas 3 anos para o time chegar à elite do futebol da URSS. Na primeira participação, terminou em 6º lugar, de 16.
Em 1973 e 1976 o Dnepr chegou às semi-finais da Copa da URSS novamente. Em 1978 foi rebaixado para a segunda divisão onde permaneceu por 2 anos. Depois de algumas reformas - como a contratação de Vladimir Yemets e Gennadiy Zhizdik para a comissão técnica - o time passou a ser um dos mais cotados para ganhar o campeonato do país. Nesse período, o time revelou grandes nomes como Oleg Protasov, Hennadiy Lytovchenko, Cherednik, e Oleh Taran.
Acompanhando o colapso da URSS, Dnepr virou Dnipro (tradução para o ucraniano), e permaneceu como um dos favoritos ao título da recém criada Liga Ucraniana. Terminou como vice-colocado em 1993, e terceiro colocado em 1992, 1995, 1996, 2001 e 2004. O time também alcançou as finais da Copa da Ucrânia em 1995, 1997 e 2004, mas acabou derrotado pelo Shakhtar Donetsk nas três ocasiões.
O FC Dnipro é atualmente controlado pelo Grupo Privat.TT
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