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Revisão das 02h31min de 26 de março de 2018
| Open Tree of Life | |
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| Endereço eletrônico | opentreeoflife.org |
O Open Tree of Life é uma árvore da vida filogenética online– um esforço colaborativo, financiado pela NSF AVAToL #1208809.[1][2] O primeiro projecto, incluindo 2,3 milhões de espécies, foi lançado em setembro de 2015.[3] O gráfico Interativo permite que o usuário dê um zoom nas classificações taxonômicos, árvores filogenéticas, e informações sobre um nó. Clicar em uma espécie terá como retorno a sua fonte e referência taxonomica.
Abordagem
O projeto utiliza uma abordagem de superárvore para gerar uma única árvore filogenética (servido no tree.opentreeoflife.org[4]) a partir de uma taxonomia abrangente e um conjunto curado de estimativas filogenéticas publicadas.
A taxonomia é uma combinação de várias classificações grandes produzidas por outros projetos; ela é criada usando uma ferramenta de software chamada "esmagador". A taxonomia resultante (a Open Tree Taxonomy, OTT) pode ser visitada em tree.opentreeoflife.org.[5]
O conjunto de estimativas filogenéticas que são adicionadas ao método supertree são selecionados através de um aplicativo web.[6] Qualquer usuário com um login GitHub pode fazer uma curadoria de uma árvore. Atividades de curadoria incluem:
- o upload de uma árvore a partir de um paper publicado em um base de dados de arquivo, tais como TreeBASE.
- rerooting a árvore. Isso é muitas vezes necessário muitos métodos filogenéticos estimam árvores não enraizadas que são, posteriormente, enraizado por outros meios (consulte Filogenética Computacional). O enraizamento destas árvores na informação suplementar para publicações e repositórios de dados está frequentemente incorreta.
- associar os rótulos de ponta de uma árvore para abrir a árvore de taxonomia para tornar possível a comparação de diferentes hipóteses filogenéticas.
A curadoria de armazenamento de dados está disponível para uso por outros, como repositório git. Todos os softwares produzidos pelo projeto estão disponíveis sob licenças de código aberto; (ver opentreeoflife.o github.io[7] para obter links para o código, os dados e a documentação).
História
O projeto foi iniciado em junho de 2012, com uma recompensa NSF de três anos para pesquisadores de dez universidades. Em 2015, uma recompensa suplementar de dois anos foi feita a pesquisadores de três instituições.
Veja também
- Tree of life web project
Referências
- ↑ «Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life». Proceedings of the National Academy of Sciences. 112. ISSN 0027-8424. PMC 4611642
. PMID 26385966. doi:10.1073/pnas.1423041112
- ↑ «Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life | NSF - National Science Foundation». www.nsf.gov
- ↑ «First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species»
- ↑ «opentree»
- ↑ https://tree.opentreeoflife.org/taxonomy/browse
- ↑ «Study Curator»
- ↑ https://opentreeoflife.github.io/
