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O termo macaco-prego é, atualmente, a designação genérica das espécies do gênero Sapajus (espécies com topete do antigo gênero Cebus). Antes consideradas como subespécies de Cebus apella são, hoje, consideradas espécies distintas. As espécies remanescentes do gênero Cebus são comumente tratadas como macacos-prego no sul e sudeste do Brasil, mas na sua área de ocorrência elas tem o nome comum de caiarara.

A taxonomia dos popularmente conhecidos macaco-prego sempre passou por modificações constantes. Ela passou por uma série de modificações em curto espaço de tempo até a classificação de Hill (1960), que colocou todos o táxons em uma única espécie: Cebus apella. A partir da classificação de Groves (2001), as diversas subespécies de C. apella foram elevadas ao status de espécie. Em 2012, Alfaro Lynch e colaboradores dividiram o gênero Cebus em dois, levando-se em consideração caracteres morfológicos e comportamentais, mantendo o gênero Cebus para os que possuem forma "grácil" e habitam o bioma Amazônico e o gênero Sapajus para os que possuem forma mais "robusta" e habitam as áreas de Floresta Atlântica, Cerrado e Caatinga. Esse dois tipos também foram identificados por Silva Jr (2001). Dados moleculares também sustentam a essa divisão, onde os "macacos-prego robustos" formam um clado e os "macacos-pregos gráceis" formam outro.