Penalidade para lacunas

Penalidade para lacunas ou Penalidade para espaços (gap penalty) são usadas durante o alinhamento de seqüências. O esquema de penalidade para lacunas contribui para a pontuação geral de alinhamentos e, portanto, o tamanho da penalidade para espaços em relação às entradas na matriz de similaridade afeta o alinhamento que é finalmente selecionado. Selecionando uma penalidade maior para lacunas ou espaços fará com que caracteres menos favoráveis sejam alinhados, buscando o algoritmo a evitar a criação de muitas lacunas.

Penalidade para Lacunas Constante

A Penalidade constante para lacunas é o tipo mais simples de penalidade para lacunas. O único parâmetro, d, é adicionado à pontuação do alinhamento quando a lacuna é aberta pela primeira vez. Isto significa que qualquer lacuna recebe a mesma pena, independentemente do seu tamanho.

Leituras adicionais

• Taylor WR, Munro RE (1997). «Multiple sequence threading: conditional gap placement». Fold Des. 2 (4). p. S33-9 

Ver também

• Alinhamento de seqüências
• Algoritmo Needleman-Wunsch
• Algoritmo de Smith-Waterman