Degradação de Edman

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Degradação de Edman é uma metodologia desenvolvida por Pehr Edman para sequenciamento de aminoácidos de um peptídeo.[1] Neste método, o resíduo amino-terminal é marcado e clivado em em peptideo sem afetar as ligações peptídicas entre outros resíduos de aminoácidos.

Mecanismo[editar | editar código-fonte]

Edman Degradation with generic amino acid peptide chain.

Fenilisotiocianato reage com um grupo amino-terminal não carregado, sob condições levemente alcalinas, para formar um derivado cíclico do feniltiocarbamoil. Então, sob condições ácidas, este derivado é clivado como um derivado da tiazolinona. O aminoácido derivado de tiazolinona é então extraído seletivamente usando solventes orgânicos e posteriormente tratado com ácido para formar o derivado mais estável feniltiohidantoína (PTH) - substância que pode ser identificada por meio de cromatografia ou de eletroforese. Este procedimento pode ser repetido mais uma vez para identificar o aminoácido seguinte. Um grande inconveniente desta técnica é que os peptídeos a serem sequenciados desta forma não pode ter mais de 50 a 60 resíduos (e, na prática, inferior a 30). O comprimento do peptideo é limitado, devido à derivação cíclica nem sempre poder ser completada. O problema da derivatização pode ser resolvido clivando grandes peptídeos em peptideos menores antes de prosseguir com a reação. É possível sequenciar com precisão até 30 aminoácidos com máquinas, com mais de 99% de eficiência por aminoácido. Uma vantagem da degradação de Edman é que ela utiliza apenas 10-100 pico-moles de peptideo para o processo de sequenciação.[2]

Limitações[editar | editar código-fonte]

Não é possível sequenciar peptídeos cuja extremidade N-terminal esteja bloqueada (acetilado, formilado, etc.) Cerca de 50% das proteínas tem a extremidade bloqueada, quer naturalmente ou durante a preparação da amostra, onde as substâncias contidas em tampões são capazes de reagir com este grupo. Outra limitação da degradação de Edman é que do desempenho não é de 100% em muitos casos, por conseguinte, quando os acontecimentos levar muitos ciclos (mais do que 50 aminoácidos analisados​​) são obtidos muitos erros.

Referências

  1. Edman, P.. (1950). "Method for determination of the amino acid sequence in peptides". Acta Chem. Scand. 4: 283–293. DOI:10.3891/acta.chem.scand.04-0283..
  2. Niall HD. (1973). "Automated Edman degradation: the protein sequenator". Meth. Enzymol. 27: 942–1010. DOI:10.1016/S0076-6879(73)27039-8. PMID 4773306.
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