O Esporte Clube Comercial foi fundado no dia 15 de março de 1943 pelo esportista Etheócles Ferreira. Teve como primeiro jogadores estudantes do Colégio Dom Bosco, permaneceu no amadorismo durante 29 anos, o registro profissional veio em 1972, onde disputou um torneio seletivo para ver quem representava o estado no Campeonato Brasileiro de 1973. Foi campeão, sendo então o primeiro time a disputar um Campeonato Brasileiro pelo estado do Mato Grosso.
A partir desta data, especialmente na década de 80, conquistou nove títulos de campeão do estado de MS. O clube já foi campeão em dois estados diferentes: no Mato Grosso e no Mato Grosso do Sul, que tornaram-se dois estados em 1979. O clube foi o primeiro time a representar o Mato Grosso no Campeonato Brasileiro da primeira divisão e o último a representar pelo Mato Grosso do Sul.
Em 1981, foi realizada a segunda edição da Taça de Prata ou Campeonato Brasileiro Série B, que foi disputado por 48 equipes. O Comercial ficou em 4º lugar, também ficou em 3º na última edição da Copa Centro-Oeste e em 1994 ficou em 7º lugar na Copa do Brasil.
O Comercial utiliza camisas vermelhas, calções brancos e meias vermelhas. O uniforme titular todo vermelho com listra transversal branca e o reserva todo branco com listra transversal vermelha foi usado pelo então presidente Ojeda de 1999 a 2005. Em 2006, o clube licenciou voltando em 2007 na segunda divisão do Campeonato Sul-matogrossense usando as camisas tradicionais vermelhas, calção branco e meias vermelhas.