DIALIGN-TX

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DIALIGN-TX
Desenvolvedor Amarendran R. Subramanian
Gênero(s) Bioinformática
Página oficial DIALIGN-TX

DIALIGN-TX é um programa de alinhamento múltiplo de seqüência escrita por Amarendran R. Subramanian e é uma melhoria substancial do DIALIGN-T, combinando estratégias de alinhamento gananciosas e progressivas em um novo algoritmo[1] .

O programa original, DIALIGN-T é uma reimplementação do programa de alinhamento múltiplo DIALIGN, de Burkhard Morgenstern. Devido a várias melhorias de algoritmos, ele produz alinhamentos significativamente melhores em conjuntos de seqüências tanto localmente quanto globalmente em relação as versões anteriores do DIALIGN. DIALIGN é baseado na computação de blocos livres de lacunas entre pares de segmentos (diagonais)[2] . No entanto, como na implementação original do programa, DIALIGN-T utiliza uma abordagem gananciosa simples e direta para montar alinhamentos múltiplos de seqüência a partir de de semelhanças locais entre pares. Tais abordagens gananciosas podem ser vulneráveis ​​a falsas semelhanças aleatórias e podem, portanto, levar a resultados abaixo do ideal. DIALIGN-TX é uma melhoria substancial de DIALIGN-T, que combina o algoritmo ganancioso anterior com uma abordagem de alinhamento progressivo.

Bibliografia[editar | editar código-fonte]

  • Subramanian AR, Kaufmann M, Morgenstern B. DIALIGN-TX: Greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. Algorithms for Molecular Biology 2008, 3:6
  • Subramanian AR, Weyer-Menkhoff J, Kaufmann M, Morgenstern B. DIALIGN-T: An improved algorithm for segment-based multiple sequence alignment. BMC Bioinformatics 2005, 6:66

Ver também[editar | editar código-fonte]

Ligações externas[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. Subramanian, Amarendran R; Hiran, Suvrat; Steinkamp, Rasmus; Meinicke, Peter; Corel, Eduardo; Morgenstern, Burkhard. (Julho 2010). "DIALIGN-TX and multiple protein alignment using secondary structure information at GOBICS". Nucleic Acids Res 38 p. W19-22. DOI:DOI:10.1093/nar/gkq442. ISSN 1362-4962. PMID 20497995.
  2. Duret, L.; Abdeddaim, S.; Higgins, Des (editor); Taylor Willie (editor). Bioinformatics: Sequence, Structure and Databanks (em inglês). Oxford: Oxford University Press, 2000. Capítulo 3 - Multiple alignments for structural, functional, or phylogenetic analyses of homologous sequences. p. 64. ISBN 0-19-963790-3.