RaTG13

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O RaTG13 é um betacoronavirus semelhante ao virus da SARS que infecta o morcego ferradura, Rhinolophus affinis.[1][2] Ele foi descoberto em 2013 em excrementos de morcego em uma caverna de mineração perto da cidade de Tongguan, no condado de Mojiang, em Yunnan, China . É o parente mais próximo conhecido do SARS-CoV-2, o vírus que causa a COVID-19.[3][4]

Descoberta[editar | editar código-fonte]

Em 2012, três mineiros limpando fezes de morcego em uma mina de cobre abandonada perto da cidade de Tongguan, no condado autônomo de Mojiang Hani, desenvolveram pneumonia fatal. Amostras de soro coletadas dos mineiros foram enviadas ao Instituto de Virologia de Wuhan e testadas por Shi Zhengli e seu grupo para vírus Ebola, vírus Nipah e SARSr-CoV Rp3 de morcego. As amostras foram negativas.[5][6][7]

Para descobrir a possível causa da infecção, diferentes animais (incluindo morcegos, ratos e musaranhos) foram amostrados dentro e ao redor da caverna de mineração. Entre 2012 e 2015, Shi Zhengli e seu grupo isolaram 293 diferentes coronavírus (284 alphacoronaviruses e 9 betacoronaviruses ) a partir de amostras de fezes de morcego na caverna. Uma das amostras coletadas em 2013, Rhinolophus affinis continha o RaTG13. O nome da cepa foi derivado da espécie de morcego original, localização geográfica e ano de coleta.[5][6]

Em 2020, Shi e seu grupo retestaram as amostras de soro dos mineiros para SARS-CoV-2. As amostras foram negativas.[5]

Virologia[editar | editar código-fonte]

O RaTG13 é um vírus de RNA de fita positiva com membrana externa. Seu genoma é de aproximadamente 29.800 nucleotídeos. O genoma codifica uma replicase (ORF1a / 1b) e quatro proteínas estruturais; incluindo uma proteína spike (S), uma proteína de membrana (M), uma proteína de membrana externa (E) e uma proteína de nucleocapsídeo (N); e cinco proteínas não estruturais auxiliares, incluindo NS3, NS6, NS7a, NS7b e NS8, que são comuns em coronavírus.[8]

O RaTG13 tem forte semelhança com o vírus SARS-CoV-2 (compartilha 96,1% de similaridade de nucleotídeos) e sua existência é uma evidencia da origem natural do SARS-CoV-2.[9] A principal diferença entre RaTG13 e SARS-CoV-2 está no domínio de ligação ao receptor (RBD) da proteína spike (S), que é a porção que se liga ao receptor na superfície da célula hospedeira e causa infecção, indicando que o vírus RaTG13 pode não usar a enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) como receptor para entrar na célula. (o SARS-CoV-2 usa a ACE̊ como receptor).[10] Além disso, a proteína S do vírus RaTG13 não possui o motivo de clivagem de furina RRAR ↓ S.

Filogenia[editar | editar código-fonte]

Uma árvore filogenetica baseada nas amostras de coronavírus relacionados ao SARS-CoV2 é:[11][12]


SARS‑CoV‑2 related coronavirus
  zh, 81% to SARS-COV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japan[13]
 
 
 
 

SL-ZXC21, 88% to SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang[14]

 
 

SL-ZC45, 88% to SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang[14]

 
 
 
 

Pangolin SARSr-COV-GX, 89% to SARS-COV-2, Manis javanica, Smuggled from Southeast Asia[15]

 
 
 

Pangolin SARSr-COV-GD, 91% to SARS-COV-2, Manis javanica, Smuggled from Southeast Asia[16]

 
 
 
 

RshSTT182, 92.6% to SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, Steung Treng, Cambodia[12]

 
 

RshSTT200, 92.6% to SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, Steung Treng, Cambodia[12]

 
 
 
 

RacCS203, 91.5% to SARS-COV-2, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thailand[11]

 
 

RmYN02, 93.3% to SARS-COV-2, Rhinolophus malayanus Mengla, Yunnan[17]

 
 
 
 

RaTG13, 96.1% to SARS-COV-2, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan

 
 

SARS-CoV-2

 
 
 
 
 
 
 
 

SARS-CoV-1, 79% to SARS-COV-2

 

Referências

  1. ↑ «Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft». Virologica Sinica. 31: 31–40. Fevereiro de 2016. PMC 7090819Acessível livremente. PMID 26920708. doi:10.1007/s12250-016-3713-9 
  2. ↑ «Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin». Nature. 588: E6. Dezembro de 2020. PMID 33199918. doi:10.1038/s41586-020-2951-zAcessível livremente 
  3. ↑ «Animal coronaviruses and coronavirus disease 2019: Lesson for One Health approach». Open Veterinary Journal. 10: 239–251. Outubro de 2020. PMC 7703617Acessível livremente. PMID 33282694. doi:10.4314/ovj.v10i3.1Acessível livremente  Verifique o valor de |display-authors=Poudel U, Subedi D, Pantha S, Dhakal S (ajuda)
  4. ↑ «HIV-1 did not contribute to the 2019-nCoV genome». Emerging Microbes & Infections. 9: 378–381. 2020. PMC 7033698Acessível livremente. PMID 32056509. doi:10.1080/22221751.2020.1727299Acessível livremente  Verifique o valor de |display-authors=Xiao C, Li X, Liu S, Sang Y, Gao SJ, Gao F (ajuda)
  5. ↑ a b c «Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin». Nature. 588: E6. Dezembro de 2020. PMID 33199918. doi:10.1038/s41586-020-2951-zAcessível livremente 
  6. ↑ a b «Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft». Virologica Sinica. 31: 31–40. Fevereiro de 2016. PMC 7090819Acessível livremente. PMID 26920708. doi:10.1007/s12250-016-3713-9 
  7. ↑ «Novel Henipa-like virus, Mojiang Paramyxovirus, in rats, China, 2012». Emerging Infectious Diseases (em inglês). 20: 1064–6. Junho de 2014. PMC 4036791Acessível livremente. PMID 24865545. doi:10.3201/eid2006.131022Acessível livremente 
  8. ↑ «Bat coronavirus RaTG13, complete genome». NCBI. Consultado em 28 de março de 2020 
  9. ↑ «SARS‐CoV‐2, Covid‐19, and the debunking of conspiracy theories». Rev Med Virol (Review). Fevereiro de 2021. PMID 33586302. doi:10.1002/rmv.2222Acessível livremente  Verifique o valor de |display-authors=Hakim MS (ajuda)
  10. ↑ «The proximal origin of SARS-CoV-2». Nature Medicine. 26: 450–452. Abril de 2020. PMC 7095063Acessível livremente. PMID 32284615. doi:10.1038/s41591-020-0820-9Acessível livremente  Verifique o valor de |display-authors=Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF (ajuda)
  11. ↑ a b Wacharapluesadee, S; Tan, CW; Maneeorn, P; Duengkae, P; Zhu, F; Joyjinda, Y; Kaewpom, T; Chia, WN; Ampoot, W (9 de fevereiro de 2021). «Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia.». Nature Communications. 12. 972 páginas. PMC 7873279Acessível livremente. PMID 33563978. doi:10.1038/s41467-021-21240-1Acessível livremente 
  12. ↑ a b c Hul, Vibol; Delaune, Deborah; Karlsson, Erik A.; Hassanin, Alexandre; Tey, Putita Ou; Baidaliuk, Artem; Gámbaro, Fabiana; Tu, Vuong Tan; Keatts, Lucy (26 de janeiro de 2021). «A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia». bioRxiv (em inglês). pp. 2021.01.26.428212. doi:10.1101/2021.01.26.428212 
  13. ↑ Murakami, Shin; Kitamura, Tomoya; Suzuki, Jin; Sato, Ryouta; Aoi, Toshiki; Fujii, Marina; Matsugo, Hiromichi; Kamiki, Haruhiko; Ishida, Hiroho; Takenaka-Uema, Akiko; Shimojima, Masayuki; Horimoto, Taisuke (dezembro de 2020). «Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan». Emerging Infectious Diseases. 26 (12): 3025–3029. doi:10.3201/eid2612.203386Acessível livremente 
  14. ↑ a b Zhou, Hong; Chen, Xing; Hu, Tao; Li, Juan; Song, Hao; Liu, Yanran; Wang, Peihan; Liu, Di; Yang, Jing; Holmes, Edward C.; Hughes, Alice C.; Bi, Yuhai; Shi, Weifeng (junho de 2020). «A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein». Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023Acessível livremente 
  15. ↑ Lam, Tommy Tsan-Yuk; Jia, Na; Zhang, Ya-Wei; Shum, Marcus Ho-Hin; Jiang, Jia-Fu; Zhu, Hua-Chen; Tong, Yi-Gang; Shi, Yong-Xia; Ni, Xue-Bing; Liao, Yun-Shi; Li, Wen-Juan; Jiang, Bao-Gui; Wei, Wei; Yuan, Ting-Ting; Zheng, Kui; Cui, Xiao-Ming; Li, Jie; Pei, Guang-Qian; Qiang, Xin; Cheung, William Yiu-Man; Li, Lian-Feng; Sun, Fang-Fang; Qin, Si; Huang, Ji-Cheng; Leung, Gabriel M.; Holmes, Edward C.; Hu, Yan-Ling; Guan, Yi; Cao, Wu-Chun (9 de julho de 2020). «Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins». Nature. 583 (7815): 282–285. doi:10.1038/s41586-020-2169-0Acessível livremente 
  16. ↑ Liu, Ping; Jiang, Jing-Zhe; Wan, Xiu-Feng; Hua, Yan; Li, Linmiao; Zhou, Jiabin; Wang, Xiaohu; Hou, Fanghui; Chen, Jing; Zou, Jiejian; Chen, Jinping (14 de maio de 2020). «Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?». PLOS Pathogens. 16 (5): e1008421. doi:10.1371/journal.ppat.1008421Acessível livremente 
  17. ↑ Zhou, H; Chen, X; Hu, T; Li, J; Song, H; Liu, Y; Wang, P; Liu, D; Yang, J; Holmes, EC; Hughes, AC; Bi, Y; Shi, W (8 de junho de 2020). «A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein.». Current biology : CB. 30 (11): 2196-2203.e3. PMID 32416074. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023Acessível livremente 
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