BioPHP

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BioPHP
Desenvolvedor Dr. Joseba Bikandi (primeiro desenvolvedor)
Linguagem PHP
Sistema operacional Multiplataforma
Gênero(s) Bioinformática
Licença GNU GPL versão 2.
Página oficial BioPHP.org

BioPHP é um pacote de código aberto em PHP, com classes para a análise de seqüências de ADN e proteínas, alinhamento, análise sintática de bancos de dados, e outras ferramentas de Bioinformática.

A biblioteca de softwares BioPHP tem sido usada no desenvolvimento de projetos em bioinformática[1][2][3]. Ela também é usada em conjunto com outras ferramentas como o BioPerl[4]. Uma importante ferramenta da biblioteca é a PCR amplification, para teste de iniciadores (primers) in silico[5].

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Projetos[editar | editar código-fonte]

Quatro tipos de projetos estão disponíveis até o momento:

  • GenePHP: reescrita ou tradução de BioPerl para PHP.
  • Funções: códigos que podem ser incluídos em outros projetos.
  • Miniferramentas (Minitools): um conjunto de scripts fo tipo copiar-e-colar para a realização de pequenas tarefas.
  • Ferramentas (Tools): scripts multipáginas para requerimentos especiais.


Ver também[editar | editar código-fonte]

Referências

  1. Erro Lua em Módulo:Citação/CS1 na linha 2510: attempt to call upvalue 'year_date_check' (a nil value).
  2. Erro Lua em Módulo:Citação/CS1 na linha 2510: attempt to call upvalue 'year_date_check' (a nil value).
  3. Erro Lua em Módulo:Citação/CS1 na linha 2510: attempt to call upvalue 'year_date_check' (a nil value).
  4. He, Ji; Benedito, Vagner A; Wang, Mingyi; Murray, Jeremy D.; Zhao, Patrick X.; Tang, Yuhong; Udvardi, Michael K. (2009). «The Medicago truncatula gene expression atlas web server». BMC Bioinformatics. 10 [S.l.: s.n.] p. 441. doi:doi:10.1186/1471-2105-10-441 Verifique |doi= (ajuda). ISSN 1471-2105 
  5. Erro Lua em Módulo:Citação/CS1 na linha 2510: attempt to call upvalue 'year_date_check' (a nil value).

Ligações externas[editar | editar código-fonte]