Tal como aparece em documentos da Idade Média, o município tinha como nome «Finoiosa»[3], topónimo que provém do vocábulo leonêsfenoyu ou finoio, e que refere um lugar abundante em funcho. Esta deriva etimológica verifica-se também na localidade salmantina de Pozos de Hinojo, indicada nalguns textos como «Pozos de Fenoio». Durante a Idade Moderna, o nome original leonês foi castelhanizado, acabando por derivar no atual «Hijonosa» e acrescentando-se o «de Duero» devido ao rio que atravessa o norte do município.
