Protein Data Bank

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PDB
Página oficial www.wwpdb.org

O PDB (Protein Data Bank; em português: Banco de Dados de Proteínas) é um banco de dados em 3D de proteínas e ácidos nucléicos. Esses dados, geralmente obtidos através da difração de raios X, ressonância magnética nuclear e crio-microscopia eletrônica são enviados por físicos, biólogos e bioquímicos de todo o mundo. Disponíveis em domínio público, podem ser usados livremente.

Exemplo de estrutura de proteína obtida no PDB (criado com Chimera).

Formato PDB[editar | editar código-fonte]

O formato PDB é um padrão para definição de arquivos de estruturas de proteínas.

Átomos[editar | editar código-fonte]

Linhas que descrevem átomos iniciam com os caracteres "ATOM".

Formato PDB - atom.png

Exemplo de arquivo no formato PDB:

ATOM   1002  N   GLU A 128      28.645 -11.430 -10.742  1.00 14.71           N  
ATOM   1003  CA  GLU A 128      28.415  -9.997 -10.853  1.00  9.85           C  
ATOM   1004  C   GLU A 128      28.776  -9.241  -9.587  1.00 22.55           C  
ATOM   1005  O   GLU A 128      29.315  -8.131  -9.648  1.00 21.34           O  
ATOM   1011  N   ALA A 129      28.388  -9.791  -8.439  1.00 13.37           N  
ATOM   1012  CA  ALA A 129      28.700  -9.101  -7.189  1.00 18.11           C  
ATOM   1013  C   ALA A 129      30.222  -9.007  -6.949  1.00 13.85           C  
ATOM   1014  O   ALA A 129      30.681  -7.987  -6.439  1.00 22.23           O  
ATOM   1015  CB  ALA A 129      28.033  -9.777  -5.994  1.00 22.17           C  
ATOM   1016  N   ALA A 130      30.978 -10.082  -7.306  1.00 14.02           N  
ATOM   1017  CA  ALA A 130      32.439 -10.162  -7.164  1.00 15.06           C  
ATOM   1018  C   ALA A 130      33.144  -9.060  -7.946  1.00 29.93           C  
ATOM   1019  O   ALA A 130      34.041  -8.432  -7.451  1.00 21.76           O  
ATOM   1028  N   ASN A 132      31.639  -6.125  -8.938  1.00 14.80           N  
ATOM   1029  CA  ASN A 132      31.221  -4.873  -8.293  1.00 13.54           C  
ATOM   1030  C   ASN A 132      31.975  -4.574  -6.952  1.00 24.14           C  
ATOM   1031  O   ASN A 132      32.374  -3.445  -6.622  1.00 15.86           O  
ATOM   1036  N   LEU A 133      32.140  -5.588  -6.104  1.00 11.35           N  
ATOM   1037  CA  LEU A 133      32.847  -5.424  -4.810  1.00 15.48           C  
ATOM   1038  C   LEU A 133      34.290  -4.936  -5.025  1.00 15.95           C  
ATOM   1039  O   LEU A 133      34.862  -4.263  -4.213  1.00 18.66           O  
ATOM   1040  CB  LEU A 133      32.931  -6.807  -4.060  1.00 10.34           C  
ATOM   1041  CG  LEU A 133      31.650  -7.277  -3.306  1.00 14.12           C  
ATOM   1042  CD1 LEU A 133      31.691  -8.809  -3.000  1.00 10.67           C  
ATOM   1043  CD2 LEU A 133      31.501  -6.450  -2.013  1.00 16.91           C  
ATOM   1044  N   ALA A 134      34.899  -5.363  -6.121  1.00 18.36           N  
ATOM   1045  CA  ALA A 134      36.305  -5.080  -6.481  1.00 27.69           C  
ATOM   1046  C   ALA A 134      36.537  -3.621  -6.846  1.00 17.43           C  
ATOM   1047  O   ALA A 134      37.642  -3.085  -6.812  1.00 18.58           O  
END

Ligações externas[editar | editar código-fonte]

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