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Anotação de DNA: diferenças entre revisões

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Revisão das 01h53min de 3 de maio de 2024

Uma visualização da anotação do genoma do cloroplasto de Porphyra umbilicalis (acesso ao GenBank: MF385003.1) feita com Chloroplot. [1] O número de genes, o comprimento do genoma e o conteúdo de GC são colocados no círculo preto central. O círculo cinza externo mostra o conteúdo de GC em todas as seções do genoma. Todos os genes individuais são colocados no círculo mais externo de acordo com a sua posição no genoma, a sua direção de transcrição e o seu comprimento; eles são codificados por cores com base na função celular ou componente do qual fazem parte. Representadas por setas, as direções de transcrição para os genes internos e externos estão listadas no sentido horário e anti-horário, respectivamente.

Em biologia molecular e genética, anotação de DNA ou anotação de genoma é o processoooooooo deeeeeeeeeeee descreverrrrrrrr a estrutura e função dos componentes de um genoma, [2] analisando-os e interpretando-os a fim de extrair seu significado biológico e compreender os processos biológicos dos quais eles participam. [3] Entre outras coisas, identifica a localização dos genes e todas as regiões codificantes de um genoma e determina o que esses genes fazem. [4]

A anotaçãoooooooooooooo é realizadaaaaaaa apóssssssss ummmmmmm genomaaaaaaaa serrrrrrrrrrrrrrrrr sequenciado e montado, eeeeeeeee é umaaaaaaa etapaaaaaa necessáriaaaaaaaaaa naaaaaaaaa análiseeeeeeeeeee dooooooooooo genomaaaaaaaa antesssssssss que a sequência seja depositada em um banco de dados e descrita em um artigo publicado. Embora a descrição de genes individuais e seus produtos ou funções seja suficiente para considerar esta descrição como uma anotação, a profundidade da análise relatada na literatura para diferentes genomas varia amplamente, com alguns relatórios incluindo informações adicionais que vão além de uma simples anotação. [5] Além disso, devido ao tamanho e complexidade dos genomas sequenciados, a anotação do DNA não é realizada manualmente, mas sim automatizada por meios computacionais. No entanto, as conclusões tiradas dos resultados obtidos requerem uma análise pericial manual. [6]

A anotaçãooooooo deeeeeee DNA é classificada em duas categorias: anotação estrutural, que identifica e demarca elementos em um genoma, e anotação funcional, que atribui funções a esses elementos. [7] Esta não é a única forma como a anotação foi categorizada, pois várias alternativas, como classificações baseadas em dimensões [8] e classificações baseadas em níveis [3] também foram propostas.

Anotação estrutural

A anotação estrutural descreve a localização precisa dos diferentes elementos em um genoma, como quadros de leitura abertos, regiões de codificação, éxons, íntrons, repetições, locais de splicing, sequências regulatórias, códons de início e parada e promotores. [6] [9]

Anotação funcional

A anotação funcional atribui funções aos elementos genômicos encontrados pela anotação estrutural, [7] relacionando-os a processos biológicos como o ciclo celular, morte celular, desenvolvimento, metabolismo, etc. identificando elementos que possam ter sido anotados por erro. [2]

Referências

  1. Zheng S, Poczai P, Hyvönen J, Tang J, Amiryousefi A (2020). «Chloroplot: An Online Program for the Versatile Plotting of Organelle Genomes». Frontiers in Genetics. 11 (576124). 576124 páginas. PMC 7545089Acessível livremente. PMID 33101394. doi:10.3389/fgene.2020.576124Acessível livremente 
  2. a b Dominguez Del Angel V, Hjerde E, Sterck L, Capella-Gutierrez S, Notredame C, Vinnere Pettersson O, et al. (5 February 2018). «Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation». F1000Research. 7 (148): 148. PMC 5850084Acessível livremente. PMID 29568489. doi:10.12688/f1000research.13598.1Acessível livremente  Verifique data em: |data= (ajuda) Erro de citação: Código <ref> inválido; o nome "dominguez2018" é definido mais de uma vez com conteúdos diferentes
  3. a b Stein L (July 2001). «Genome annotation: from sequence to biology». Nature Reviews. Genetics. 2 (7): 493–503. PMID 11433356. doi:10.1038/35080529  Verifique data em: |data= (ajuda)
  4. «Medical Definition of Genome annotation». MedicineNet. 29 March 2021. Consultado em 17 April 2023. Cópia arquivada em 9 February 2023  Verifique data em: |acessodata=, |arquivodata=, |data= (ajuda); Verifique o valor de |display-authors=Davis CP (ajuda)
  5. «Genome Annotation and Analysis». Sequence — Evolution — Function 1st ed. [S.l.]: Springer US. 2003. pp. 193–226. ISBN 978-1-4757-3783-7. doi:10.1007/978-1-4757-3783-7_6 
  6. a b «Genome assembly and annotation». Bioinformatics: Methods and Applications 1st ed. [S.l.]: Elsevier Science. 2021. pp. 49–66. ISBN 9780323897754. doi:10.1016/B978-0-323-89775-4.00013-4  Erro de citação: Código <ref> inválido; o nome "mishra2021" é definido mais de uma vez com conteúdos diferentes
  7. a b Bright LA, Burgess SC, Chowdhary B, Swiderski CE, McCarthy FM (October 2009). «Structural and functional-annotation of an equine whole genome oligoarray». BMC Bioinformatics. 10 (Suppl 11): S8. PMC 3226197Acessível livremente. PMID 19811692. doi:10.1186/1471-2105-10-S11-S8Acessível livremente  Verifique data em: |data= (ajuda) Erro de citação: Código <ref> inválido; o nome "bright2009" é definido mais de uma vez com conteúdos diferentes
  8. Reed JL, Famili I, Thiele I, Palsson BO (February 2006). «Towards multidimensional genome annotation». Nature Reviews. Genetics. 7 (2): 130–141. PMID 16418748. doi:10.1038/nrg1769  Verifique data em: |data= (ajuda)
  9. The dictionary of genomics, transcriptomics and proteomics Fifth ed. Weinheim: Wiley. 2015. ISBN 9783527678679. doi:10.1002/9783527678679. Consultado em 24 April 2023. Cópia arquivada em 4 August 2022  Verifique data em: |acessodata=, |arquivodata= (ajuda)