Fundado em 1969, o clube, cujas cores eram azul-celeste e branco, disputou a Liga Adelante entre 2001 e 2008 (ficando sempre na parte intermediária da classificação, tendo um 11º lugar como sua melhor classificação), quando foi rebaixado para a Terceira Divisão Espanhola (Segunda División B). Antes, disputava torneios regionais entre 1969 e 1987, quando ascendeu justamente à Tercera División (o quarto escalão do futebol espanhol). Durante o período em que esteve na Liga Adelante, mantinha uma rivalidade com o Almería.
Pela Copa del Rey, foram apenas duas participações, com destaque para a edição de 2008–09, quando chegou até as oitavas-de-final depois de eliminar San Fernando, Conquense, Melilla e Villarreal[1], sendo eliminado pelo Espanyol pelo critério do gol fora.
Na temporada 2011–12, o Poli Ejido foi excluído da Terceira Divisão espanhola por ter faltado a 2 partidas[2][3]. A equipe já vivia sérios problemas financeiros e nem sequer possuía jogadores aptos a disputar a competição. Em 9 de janeiro de 2012, o clube liberou todos os jogadores de seus respectivos contratos, e três dias depois seria comprado, passando a se chamar Polideportivo Ejido 2012 Sociedad Deportiva[4][5].
Nota: Se procura o outro clube de El Ejido fundado em 2012 e que disputa a terceira divisão da Espanha, veja Club Deportivo El Ejido 2012.
