É o segundo clube mais antigo do Acre em atividade, fundado em 1923, superado apenas pelo Rio Branco, o qual foi fundado em 1919. Em 2008, o clube profissionalizou-se e participou pela primeira vez de uma edição do Campeonato Acreano.
Já em 2009, o Náuas foi finalista do 2º Turno do Campeonato, tendo empatado a grande final em 1x1 com o Juventus, perdendo na disputa de pênaltis por 3x1.
No Campeonato Acreano de 2010, o Náuas foi o vice-campeão, sendo derrotado na final pelo tradicional Rio Branco. Os jogos foram disputados na Arena da Floresta, com o primeiro confronto, em 30 de maio, terminando en Náuas 3x5 Rio Branco. A partida decisiva, em 6 de junho, terminou empatada em 1x1.
Em 2013, o Náuas ficou na última colocação do Campeonato Acriano e foi rebaixado de divisão.[1] No entanto, como o Juventus desistiu de participar da edição seguinte do campeonato, o Náuas herdou a vaga.[2] Em 2015, porém, o clube acabaria sendo novamente rebaixado.[3]