HomoloGene

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HomoloGene, uma ferramenta do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia dos Estados Unidos (NCBI), é um sistema para detecção automatizada de homólogos (similaridade atribuível à descendência de um ancestral comum) entre os genes anotados de vários genomas eucarióticos completamente sequenciados.[1]

O processamento do HomoloGene consiste na análise de proteínas dos organismos de entrada. As sequências são comparadas usando o blastp (programas que pesquisam bancos de dados de proteínas usando uma consulta de proteína.),[2] então combinadas e colocadas em grupos, usando uma árvore taxonômica construída a partir da similaridade da seqüência, onde organismos mais próximos são combinados primeiro, e então outros organismos são adicionados à árvore. Os alinhamentos de proteínas são mapeados de volta para suas seqüências de DNA correspondentes e, em seguida, métricas de distância como distâncias moleculares de Jukes e Cantor (1969), a relação Ka/Ks pode ser calculada.[3][4][5]

Organismos de entrada[editar | editar código-fonte]

Metazoa[editar | editar código-fonte]

Vertebrados[editar | editar código-fonte]

Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio

Invertebrados[editar | editar código-fonte]

Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans

Fungi[editar | editar código-fonte]

Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa

Plantas[editar | editar código-fonte]

Dicotiledóneas[editar | editar código-fonte]

Arabidopsis thaliana"

Monocots[editar | editar código-fonte]

"Oryza sativa

Protista[editar | editar código-fonte]

Plasmodium falciparum.

Interface[editar | editar código-fonte]

O HomoloGene está ligado a todas as bases de dados do Entrez e baseado em homologia e informação fenotípica destas ligações:

  • Mouse Genome Informatics (MGI),
  • Zebrafish Information Network (ZFIN),
  • Banco de Dados do Genoma de Saccharomyces (SGD),
  • Aglomerados de Grupos Ortólogos (COG),
  • FlyBase,
  • Herança Mendeliana Online no Homem (OMIM)

Como resultado, a HomoloGene exibe informações sobre genes, proteínas, fenótipos e domínios conservados.

Referências

  1. HomoloGene
  2. Standard Protein BLAST
  3. Gu X, Li WH (September 1992). «Higher rates of amino acid substitution in rodents than in humans». Mol. Phylogenet. Evol. 1 (3): 211–4. PMID 1342937. doi:10.1016/1055-7903(92)90017-B  Verifique data em: |data= (ajuda)
  4. Li WH, Ellsworth DL, Krushkal J, Chang BH, Hewett-Emmett D (February 1996). «Rates of nucleotide substitution in primates and rodents and the generation-time effect hypothesis». Mol. Phylogenet. Evol. 5 (1): 182–7. PMID 8673286. doi:10.1006/mpev.1996.0012  Verifique data em: |data= (ajuda)
  5. Kishino H, Thorne JL, Bruno WJ (March 2001). «Performance of a divergence time estimation method under a probabilistic model of rate evolution». Mol. Biol. Evol. 18 (3): 352–61. PMID 11230536. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003811  Verifique data em: |data= (ajuda)
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Ligações externas[editar | editar código-fonte]