Foi fundado em 1 de janeiro de 1928 (é o quarto clube de futebol profissional mais velho de Alagoas). Manda seus jogos no Estádio Edivanil Cavalcante Navarro, com capacidade para receber 4.000 torcedores. Participou de 9 edições do Campeonato Alagoano, tendo como sua melhor classificação um quarto lugar, obtido em 2003. Em 1995, classificou-se para o chamado "super turno", que reuniu os 8 primeiros colocados na primeira fase, e terminou na quarta posição no Grupo B.
A última participação do Alvinegro de Matriz foi em 2006, terminando em 10° lugar na classificação geral, sendo rebaixado para a Segunda Divisão do ano seguinte, a qual não chegou a disputar, optando em se licenciar das competições - entre 1997 e 2000, o Bom Jesus também ficou sem jogar nenhum campeonato promovido pela FAF, voltando em 2001, mesmo ano em que venceu a Segunda Divisão estadual.
Ensaiou um regresso ao futebol profissional em 2009, onde chegou a se inscrever para a Segunda Divisão[1], porém desistiu de participar do torneio.
