Mimótopo

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Um mimótopo é uma macromolécula, geralmente um péptido, que simula a estrutura dum epítopo dum antígeno. Devido a tal similitude causa uma resposta aos anticorpos similar à obtida pelo epítopo. Um anticorpo específico para um determinado epítopo de um antígeno reconhecerá também o mimótopo que imita esse mesmo epítopo. Os mimótopos geralmente são obtidos a partir de livrarias de phage display (técnica sobre a qual se estudam as interacção entre proteínas e ADN dos bacteriófagos para correlacionar as proteínas com a informação genética que as codifica) pelo processo de biopanning (técnica para seleccionar péptidos que se ligam a um determinado alvo). Estão a ser desenvolvidas vacinas que utilizam mimótopos.

O termo mimótopo foi cunhado por Mario Geysen em 1986,[1] e foi utilizado para descrever péptidos que simulavam um epítopo. Porém, este conceito foi-se alargando para referir-se também a péptidos que imitam todo o tipo de pontos de ligação. Por imitarem os sítios de união, a análise de mimótopos foi muito utilizada para mapear epítopos,[2] identificar alvos de drogas e inferir as redes de interacções de proteínas.[3][4] Além disso, os mimótopos apresentam um enorme potencial no desenvolvimento de novos diagnósticos,[5] terapêuticas[6] e vacinas.[7] Além disso, as especiais afinidades mediadas pelos mimótopos para vários semicondutores e outros materiais mostraram ser muito prometedoras nos estudos de novos materiais e novas energias.[8] Portanto, é interessante reunir a informação sobre mimótopos em bases de dados especiais. Em 2010, apareceu a base de dados MimoDB version 1.0,[9] que tinha 10.716 péptidos agrupados em 1.229 conjuntos. Estes péptidos foram extraídos de resultados de biopanning de bibliotecas pépídicas aleatórias a partir da técnica de phage-displayed e publicadas em 571 trabalhos. A base de dados MimoDB foi depois actualizada à versão 2.0,[10] na qual existem 15.633 péptidos recolhidos de 849 trabalhos publicados, que se agruparam em 1.818 conjuntos. Entretanto, a partir dos dados dos experimentos de biopanning e dos seus resultados, também se pôde incluir uma ampla informação de base sobre alvos, moldes, livrarias e estruturas. Também se compilou um ponto de referência (ou estandarte de comparação, benchmark) para que os bioinformáticos possam desenvolver e avaliar os seus novos modelos, algoritmos e programas. A base de dados MimoDB proporciona ferramentas para investigações avançadas e simples, visualização de estruturas, BLAST (algoritmo para comparar sequências) e alinhamentos vistos sobre a mosca. Os biólogos experimentais podem utilizar facilmente a base de dados como um controlo virtual para excluir possíveis péptidos não relacionados com o alvo. A base de dados MimoDB encontra-se disponível sem restrições.[11]

Referências

  1. ↑ Geysen, HM; Rodda, SJ; Mason, TJ (Julho de 1986). «A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant.». Molecular immunology. 23 (7): 709–15. PMID 2432410. doi:10.1016/0161-5890(86)90081-7 
  2. ↑ Smith, GP; Petrenko, VA (1 de abril de 1997). «Phage Display.». Chemical Reviews. 97 (2): 391–410. PMID 11848876. doi:10.1021/cr960065d 
  3. ↑ Tong, AH; Drees, B, Nardelli, G, Bader, GD, Brannetti, B, Castagnoli, L, Evangelista, M, Ferracuti, S, Nelson, B, Paoluzi, S, Quondam, M, Zucconi, A, Hogue, CW, Fields, S, Boone, C, Cesareni, G (11 de janeiro de 2002). «A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules.». Science. 295 (5553): 321–4. PMID 11743162. doi:10.1126/science.1064987 
  4. ↑ Thom, G; Cockroft, AC; Buchanan, AG; Candotti, CJ; Cohen, ES; Lowne, D; Monk, P; Shorrock-Hart, CP; Jermutus, L; Minter, RR (16 de maio de 2006). «Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution.». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (20): 7619–24. PMC 1458619Acessível livremente. PMID 16684878. doi:10.1073/pnas.0602341103 
  5. ↑ Hsiung, PL; Hardy, J; Friedland, S; Soetikno, R; Du, CB; Wu, AP; Sahbaie, P; Crawford, JM; Lowe, AW; Contag, CH; Wang, TD (Abril de 2008). «Detection of colonic dysplasia in vivo using a targeted heptapeptide and confocal microendoscopy.». Nature Medicine. 14 (4): 454–8. PMC 3324975Acessível livremente. PMID 18345013. doi:10.1038/nm1692 
  6. ↑ Macdougall, IC; Rossert, J; Casadevall, N; Stead, RB; Duliege, AM; Froissart, M; Eckardt, KU (5 de novembro de 2009). «A peptide-based erythropoietin-receptor agonist for pure red-cell aplasia.». The New England Journal of Medicine. 361 (19): 1848–55. PMID 19890127. doi:10.1056/NEJMoa074037 
  7. ↑ Knittelfelder, R; Riemer, AB; Jensen-Jarolim, E (Abril de 2009). «Mimotope vaccination--from allergy to cancer.». Expert opinion on biological therapy. 9 (4): 493–506. PMC 3049225Acessível livremente. PMID 19344285. doi:10.1517/14712590902870386 
  8. ↑ Lee, YJ; Yi, H; Kim, WJ; Kang, K; Yun, DS; Strano, MS; Ceder, G; Belcher, AM (22 de maio de 2009). «Fabricating genetically engineered high-power lithium-ion batteries using multiple virus genes.». Science. 324 (5930): 1051–5. PMID 19342549. doi:10.1126/science.1171541 
  9. ↑ Ru, B; Huang, J; Dai, P; Li, S; Xia, Z; Ding, H; Lin, H; Guo, F; Wang, X (15 de novembro de 2010). «MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.». Molecules (Basel, Switzerland). 15 (11): 8279–88. PMID 21079566. doi:10.3390/molecules15118279 
  10. ↑ Huang, J; Ru, B; Zhu, P; Nie, F; Yang, J; Wang, X; Dai, P; Lin, H; Guo, FB; Rao, N (3 de novembro de 2011). «MimoDB 2.0: a mimotope database and beyond.». Nucleic Acids Research. 40 (1): D271–7. PMC 3245166Acessível livremente. PMID 22053087. doi:10.1093/nar/gkr922 
  11. ↑ «The MimoDB database» 
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