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BioPHP: diferenças entre revisões

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É um projeto de software ativo de [[código aberto]] apoiado pela [[Open Bioinformatics Foundation]].
É um projeto de software ativo de [[código aberto]] apoiado pela [[Open Bioinformatics Foundation]].

Revisão das 17h30min de 2 de novembro de 2011

BioPHP
Desenvolvedor Dr. Joseba Bikandi (primeiro desenvolvedor)
Escrito em PHP
Sistema operacional Multiplataforma
Gênero(s) Bioinformática
Licença GNU GPL versão 2.
Página oficial BioPHP.org

BioPHP é um pacote de código aberto em PHP, com classes para a análise de seqüências de ADN e proteínas, alinhamento, análise sintática de bancos de dados, e outras ferramentas de Bioinformática.

A biblioteca de softwares BioPHP tem sido usada no desenvolvimento de projetos em bioinformática[1]. Ela também pe usada em conjunto com outras ferramentas como o BioPerl[2]. Uma importante ferramenta da biblioteca é a PCR amplification, para teste de primers in-silica[3].

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Projetos

Quatro tipos de projetos estão disponíveis até o momento:

  • GenePHP: reescrita ou tradução de BioPerl para PHP.
  • Funções: códigos que podem ser incluídos em outros projetos.
  • Miniferramentas (Minitools): um conjunto de scripts fo tipo copiar-e-colar para a realização de pequenas tarefas.
  • Ferramentas (Tools): scripts multipáginas para requerimentos especiais.


Ver também

Referências

  1. ↑ Shameer, Khader ; Madan, Lalima L; Veeranna, Shivamurthy ; Gopal, Balasubramanian; Sowdhamini, Ramanathan (22 de setembro de 2010). «PeptideMine - A webserver for the design of peptides for protein-peptide binding studies derived from protein-protein interactomes». BMC Bioinformatics. 11. p. 473. ISSN 1471-2105. doi:doi:10.1186/1471-2105-11-473 Verifique |doi= (ajuda) 
  2. ↑ He, Ji; Benedito, Vagner A; Wang, Mingyi; Murray, Jeremy D.; Zhao, Patrick X.; Tang, Yuhong; Udvardi, Michael K. (2009). «The Medicago truncatula gene expression atlas web server». BMC Bioinformatics. 10. p. 441. ISSN 1471-2105. doi:doi:10.1186/1471-2105-10-441 Verifique |doi= (ajuda) 
  3. ↑ Guerrero, Darío; bautista, Rocío; Villalobos, David P.; Cantón, Francisco R. Claros, M. (2 de junho de 2010). «AlignMiner: a Web-based tool for detection of divergent regions in multiple sequence alignments of conserved sequences». Algorithms for Molecular Biology. 5 (1). p. 24. ISSN 1748-7188. doi:doi:10.1186/1748-7188-5-24 Verifique |doi= (ajuda) 

Ligações externas

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