HYPHY

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HYpothesis testing using PHYlogenies
HYPHY
Desenvolvedor Sergei Kosakovsky Pond, Art Poon (ambos da UC San Diego), Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge)
Lançamento 2000
Sistema operacional Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s) Bioinformática
Licença GPL
Página oficial www.datam0nk3y.org/hyphy/doku.php

HYPHY é um pacote de software de filogenia computacional, livre, multiplataforma (Mac, Windows e UNIX) criado para realizar análises de máxima verossimilhança de dados de sequência genética e está equipado com ferramentas para testar várias hipóteses estatísticas[1] . O nome HYPHY é uma abreviação para "HYpothesis testing using PHYlogenies"[2] . Em janeiro de 2009, cerca de 250 artigos revistas científicas peer-reviewed citavam HYPHY[3] .

HYPHY é desenvolvido por Sergei Kosakovsky Pond e Poon Art da UC San Diego, Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge.

Principais características[editar | editar código-fonte]

HYPHY suporta a análise de proteínas, nucleotídeos e sequências de códon, utilizando modelos padrão predefinidos ou modelos de evolução definidos pelo usuário. O pacote suporta a interação através de uma interface gráfica de usuário, bem como uma linguagem em batch para configurar análises grandes e complicadas e processar os resultados[1] .

Hyphy inclui um conjunto versátil de métodos para detectar a evolução adaptativaem sítios de amino-ácidos individuais e/ou linhagens, incluindo generalizações de Nielsen-Yang PAML e abordagens Suzuki-Gojobori e muitos outros.

História[editar | editar código-fonte]

O desenvolvimento de Hyphy começou em 1997, com a primeira versão pública em 2000 A versão mais recente, a partir de janeiro 2009, é a 0.99+ beta, compilada em 8 de maio de 2008[2] .

Software/Disponibilidade de código e licença[editar | editar código-fonte]

HYPHY é distribuído como software do código aberto com código-fonte liberado sob a licença GPL. Binários compilados para Mac OS (9 e X) e Windows estão disponíveis para download. O código fonte está disponível para que os usuários possam compilar o aplicativo Hyphy em sistemas Unix-like.

Um subconjunto de métodos de HYPHY para a detecção de evolução adaptativa também são disponibilizados pela equipe HYPHY na UC San Diego no cluster DataMonkey[4] .

Referências

  1. a b Pond SL, Frost SD, Muse SV. (March 2005). "HyPhy: hypothesis testing using phylogenies". Bioinformatics 21 (5): 676–9. DOI:10.1093/bioinformatics/bti079. PMID 15509596.
  2. a b HYPHY Package Page.
  3. Busca de trabalhos citando a publicação HYPHY no Google Scholar.
  4. Pond SL, Frost SD. (May 2005). "Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments". Bioinformatics 21 (10) p. 2531–3. DOI:10.1093/bioinformatics/bti320. PMID 15713735.

Ver também[editar | editar código-fonte]

Ligações externas[editar | editar código-fonte]