Durante o conflito, a Corte do Sul tentou ocupar a capital da Corte do Norte, que eram apoiados pelo xogunato Ashikaga, em várias ocasiões durante um período de 50 anos, porém este objetivo causou um desgaste rápido nas forças do sul.
Finalmente, em 1392, o Imperador Go-Kameyama da Corte do Sul, buscou a reconciliação das partes e decidiu abdicar em favor do Imperador Go-Komatsu da Corte do Norte. Após esta reunificação, a linhagem da Corte do Norte se perpetuou no poder e deslegitimou a linhagem da Corte do Sul; porém, em 1911 a linhagem do sul foi reconhecida como legítima e a do norte como pretendentes, pelo fato de Go-Daigo ter levado consigo as Relíquias Sagradas e estas terem permanecido com seus descendentes durante o conflito.
Este artigo foi inicialmente traduzido, total ou parcialmente, do artigo da Wikipédia em castelhano cujo título é «Período Nanbokuchō», especificamente desta versão.