Dinâmica molecular

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Dinâmica molecular (DM) é a simulação computacional de movimentos físicos de átomos e moléculas das quais se conhecem o potencial de interação entre estas partículas e as equações que regem seu movimento[1] . Geralmente algumas conclusões podem ser geradas munindo-se de conhecimento de cálculo e física. Como exemplo, ver modelos discutidos em [2] que são geralmente estudados pela dinâmica molecular, como conformação de RNAm.

A simulação de dinâmica molecular é frequentemente usada no estudo de proteínas e biomoléculas, assim como em ciência dos materiais. É tentador, embora não inteiramente preciso, descrever a técnica como um "microscópio virtual" com alta resolução temporal e espacial, mas com vantagem de ver fenômenos físicos em escalas muito mais rápidas do que o olho humano pode perceber, como fentossegundos, ou mesmo muito menor do que microscópios podem ver, na escala de angstrom; formação de "pescoço" em nanofios, ou mesmo movimento de receptores em células dos seres vivos ocorrem em femtosegundos.

Dinâmica molecular sendo usada para simular um nano-fio sendo estressado nas extremidades em direção oposto, de modo a aumentar sua dimensão no eixo principal. Dimensões: Ångström e Femtossegundo.


Referências

  1. Martínez, Leandro; Borin, Ivana A.; Skaf, Munir S. (2007). «Fundamentos de Simulação por Dinâmica Molecular». In: Morgon, Nelson H.; Coutinho, Kaline. Métodos de Química Teórica e Modelagem Molecular (São Paulo: Livraria da Física Editora). p. 414. ISBN 978-85-88325-87-6. 
  2. Blossey, R. Computational Biology: a statistical mechanics perspective. Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology. 2006.

Referências gerais[editar | editar código-fonte]

  • M. P. Allen, D. J. Tildesley (1989) Computer simulation of liquids. Oxford University Press. ISBN 0-19-855645-4.
  • J. A. McCammon, S. C. Harvey (1987) Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press. ISBN 0521307503 (hardback).
  • D. C. Rapaport (1996) The Art of Molecular Dynamics Simulation. ISBN 0-521-44561-2.
  • Frenkel, Daan; Smit, Berend (2002) [2001]. Understanding Molecular Simulation : from algorithms to applications (San Diego, California: Academic Press). ISBN 0-12-267351-4. 
  • J. M. Haile (2001) Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods. ISBN 0-471-18439-X
  • R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, ISBN 0-444-51082-6
  • Oren M. Becker, Alexander D. Mackerell Jr, Benoît Roux, Masakatsu Watanabe (2001) Computational Biochemistry and Biophysics. Marcel Dekker. ISBN 0-8247-0455-X.
  • Andrew Leach (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications. (2nd Edition) Prentice Hall. ISBN 978-0582382107.
  • Tamar Schlick (2002) Molecular Modeling and Simulation. Springer. ISBN 0-387-95404-X.
  • William Graham Hoover (1991) Computational Statistical Mechanics, Elsevier, ISBN 0-444-88192-1.
  • D.J. Evans and G.P. Morriss (2008) Statistical Mechanics of Nonequilibrium Liquids, Second Edition, Cambridge University Press,ISBN 978-0-521-85791-8.

Ligações externas[editar | editar código-fonte]

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