A temporada de Fórmula 3000 de 1999 foi a décima-quinta da história da categoria. Teve como campeão o alemão Nick Heidfeld, da West Competition (cujo layout de seus carros era idêntico ao usado pela McLaren no mesmo ano).
O campeonato foi realizado entre 1 de maio e 25 de setembro de 1999, sendo realizadas dez etapas, iniciando em Imola e se encerrando em Nürburgring[1].
As demais equipes (Coloni Motorsport, GP Racing, Portman-Arrows, Monaco Motorsport, Durango e LUKoil Arden) não pontuaram.
54 pilotos se inscreveram para as dez corridas da temporada. Marco Apicella, que havia abandonado a categoria em 1991, tentou se classificar para o GP da Bélgica pela Monaco Motorsport, mas não obteve a vaga no grid.