A equipe, chamada originalmente de Yanmar Diesel, começou suas atividades em 1957, como uma equipe da empresa Yanmar. Ela foi uma das fundadoras originais da extinta Liga Japonesa de Futebol. Com quatro títulos da Liga Japonesa conquistados, foi um esteio da Primeira Divisão JSL, até 1990, quando foi rebaixado e, assim, juntou-se ao ex-Japan Football League em 1992.[1]
Em 1993, o clube se juntou ao Osaka Football Club Ltd. e adotou o nome de Cerezo, após um concurso público. O nome Cerezo vem do espanhol, que é a árvore das cerejas e Osaka é a capital das cerejeiras. Em 1994, ganhou o campeonato da JFL e foi promovido à J-League em 1995. Isso coincidiu também com a chegada à final da Copa do Imperador, onde foi derrotado pelo Bellmare Hiratsuka. Esta foi a última final até então, em que um clube não-top foi um dos finalistas.
Em 2001, terminou no último lugar e foi relegado a Liga J2. No entanto, conseguiu terminar em segundo na temporada 2002, retornando ao J1 em 2003.
Em 2005 chegou perto de se tornar campeão da J-League, e liderou o campeonato durante certo período. Em sua partida final, em disputa com o Tokyo, o time estava a poucos minutos de conquistar o título. No entanto, o Tokyo empatou aos 89 minutos, e uma série de outros gols em outras partidas fizeram com que a equipe terminasse em 5 º lugar, tendo o arquirrival Gamba Osaka, originalmente formada por jogadores da Yanmar Club, o ex-time B da Yanmar Diesel, como o vencedor do campeonato.
A equipe do Cerezo retornou ao J2 para a temporada 2007 depois de terminar em penúltimo lugar em 2006. Nesta época o clube contou com o treinador Levir Culpi, que trouxe uma nova filosofia a equipe, retornando o acesso, e tornando Levir um dos ídolos do clube. Em 2009, o time foi promovido e retornou à primeira divisão.