Predefinição:Campeonato Brasileiro de Futebol de 2013 - Série D (fase final)
Em itálico, os times que possuem o mando de campo no primeiro jogo do confronto e em negrito os times classificados.
| Oitavas de final | Quartas de final | Semifinais | Final | |||||||||||||||||||
| 31 de agosto a 10 de setembro | 15 de setembro e 6 de outubro | 29 de setembro a 19 de outubro | 27 de outubro e 3 de novembro | |||||||||||||||||||
 Santo André
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0 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Metropolitano
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0 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||
| Metropolitano
|
2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||
 Juventude (gf) 
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2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||
 Londrina
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1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||
| Juventude
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0 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||
| Juventude
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4 | 0 | 4 | |||||||||||||||||||
 Tupi
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0 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||
 Resende
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2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||
 Mixto (gf)
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1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||
| Mixto
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1 | 2 | 3 | |||||||||||||||||||
| Tupi
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1 | 3 | 4 | |||||||||||||||||||
 Aparecidense |
1 | 2 | 3 | |||||||||||||||||||
| Tupi
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1 | 2 | 3 | |||||||||||||||||||
| Juventude
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2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||
 Botafogo-PB
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1 | 2 | 3 | |||||||||||||||||||
 Plácido de Castro (gf)
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1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||
 Gurupi
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0 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||
| Plácido de Castro
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1 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||
 Salgueiro
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1 | 3 | 4 | |||||||||||||||||||
| Salgueiro (gf)
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0 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||
 Nacional-AM
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0 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||
| Salgueiro
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1 | 0 | 1 | |||||||||||||||||||
| Botafogo-PB
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2 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||
| Central
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3 | 1 | 4 (3) | |||||||||||||||||||
| Botafogo-PB (pen)
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1 | 3 | 4 (5) | |||||||||||||||||||
| Botafogo-PB
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2 | 1 | 3 | |||||||||||||||||||
 Tiradentes-CE
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1 | 0 | 1 | |||||||||||||||||||
 Sergipe
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2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||
| Tiradentes-CE (gf)
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2 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||