Oligonucleotídeo: diferenças entre revisões
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A criação de oligonucleótidos curtos quimicamente estáveis foi o primeiro desafio no desenvolvimento de terapias ASO. Os oligonucleótidos naturais são facilmente degradados por nucleases, uma enzima que cliva os nucleótidos e é ampla em todos os tipos de células.<ref>{{cite journal | vauthors = Frazier KS | title = Antisense oligonucleotide therapies: the promise and the challenges from a toxicologic pathologist's perspective | journal = Toxicologic Pathology | volume = 43 | issue = 1 | pages = 78–89 | date = January 2015 | pmid = 25385330 | doi = 10.1177/0192623314551840 | s2cid = 37981276 }}</ref> As sequências de oligonucleótidos curtas também têm fracas afinidades de ligação intrínsecas, o que contribui para a sua degradação ''in vivo''.<ref name=":1">{{cite journal | vauthors = DeVos SL, Miller TM | title = Antisense oligonucleotides: treating neurodegeneration at the level of RNA | journal = Neurotherapeutics | volume = 10 | issue = 3 | pages = 486–97 | date = July 2013 | pmid = 23686823 | pmc = 3701770 | doi = 10.1007/s13311-013-0194-5 }}</ref> |
A criação de oligonucleótidos curtos quimicamente estáveis foi o primeiro desafio no desenvolvimento de terapias ASO. Os oligonucleótidos naturais são facilmente degradados por nucleases, uma enzima que cliva os nucleótidos e é ampla em todos os tipos de células.<ref>{{cite journal | vauthors = Frazier KS | title = Antisense oligonucleotide therapies: the promise and the challenges from a toxicologic pathologist's perspective | journal = Toxicologic Pathology | volume = 43 | issue = 1 | pages = 78–89 | date = January 2015 | pmid = 25385330 | doi = 10.1177/0192623314551840 | s2cid = 37981276 }}</ref> As sequências de oligonucleótidos curtas também têm fracas afinidades de ligação intrínsecas, o que contribui para a sua degradação ''in vivo''.<ref name=":1">{{cite journal | vauthors = DeVos SL, Miller TM | title = Antisense oligonucleotides: treating neurodegeneration at the level of RNA | journal = Neurotherapeutics | volume = 10 | issue = 3 | pages = 486–97 | date = July 2013 | pmid = 23686823 | pmc = 3701770 | doi = 10.1007/s13311-013-0194-5 }}</ref> |
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=== Modificações ao nível do esqueleto === |
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Os análogos de [[Organotiofosfato|organotiofosfato]] de nucleótidos conferem aos oligonucleótidos propriedades benéficas. A nível sintético, essas propriedades concentram-se na formação de diastereoisómeros de cada nucleótido e uma maior facilidade no acompanhamento das reacções que envolvem nucleótidos fosforotioatos. <ref name=":2">{{cite journal | vauthors = Eckstein F | title = Phosphorothioate oligodeoxynucleotides: what is their origin and what is unique about them? | journal = Antisense & Nucleic Acid Drug Development | volume = 10 | issue = 2 | pages = 117–21 | date = April 2000 | pmid = 10805163 | doi = 10.1089/oli.1.2000.10.117 }}</ref> Por outro lado, a nível biológico, o esqueleto organotiofosfato protege os oligonucleótidos contra a degradaçao enzimática indesejadas.<ref>{{cite journal | vauthors = Stein CA, Subasinghe C, Shinozuka K, Cohen JS | title = Physicochemical properties of phosphorothioate oligodeoxynucleotides | journal = Nucleic Acids Research | volume = 16 | issue = 8 | pages = 3209–21 | date = April 1988 | pmid = 2836790 | pmc = 336489 | doi = 10.1093/nar/16.8.3209 }}</ref> A modificação do esqueleto dos nucleótidos é amplamente utilizada porque pode ser alcançada com relativa facilidade e precisão na maioria dos nucleótidos.<ref name=":2">{{cite journal | vauthors = Eckstein F | title = Phosphorothioate oligodeoxynucleotides: what is their origin and what is unique about them? | journal = Antisense & Nucleic Acid Drug Development | volume = 10 | issue = 2 | pages = 117–21 | date = April 2000 | pmid = 10805163 | doi = 10.1089/oli.1.2000.10.117 }}</ref> A adição de fragmetos flourescentes nas extremidades 3' ou 5' estao descritas na literatura, como forma de avaliar as estruturas, dinâminas e interaçöes dos oligonucleótidos com o ambiente envolvente.<ref name=":4">{{cite journal | vauthors = Michel BY, Dziuba D, Benhida R, Demchenko AP, Burger A | title = Probing of Nucleic Acid Structures, Dynamics, and Interactions With Environment-Sensitive Fluorescent Labels | language = English | journal = Frontiers in Chemistry | volume = 8 | pages = 112 | date = 2020 | pmid = 32181238 | pmc = 7059644 | doi = 10.3389/fchem.2020.00112 | bibcode = 2020FrCh....8..112M | doi-access = free }}</ref> |
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{{ácidos nucleicos}} |
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Revisão das 13h54min de 20 de fevereiro de 2023
 | Este artigo não cita fontes confiáveis. (Novembro de 2020) |
Um oligonucleotídeo (ou oligonucleótido) é um fragmento curto de uma cadeia simples de ácido nucleico (ADN ou ARN), tipicamente com 20 ou menos bases.
Os oligonucleotídeos são frequentemente usados como sondas para detectar ADN complementar ou ARN porque eles se ligam prontamente aos seus complementares. Exemplos de procedimentos que utilizam oligonucleotídeos são os microarrays de ADN, Southern blots e hibridização fluorescente in situ.
Os oligonucleotídeos compostos por ADN (desoxioligonucleotídeos) são frequentemente utilizados em PCRs, um procedimento que pode ser empregue a fim de amplificar quase todos os pedaços de ADN. Neste exemplo, o oligonucleotídeo é frequentemente chamado de iniciador (termo em inglês: primer), e um curto pedaço de ADN que se liga à sua sequência, alvo complementar. Esta gera um local para a polimerase se ligar e estende o iniciador através da adição de nucleotídeos a fim de fazer uma cópia da sequência alvo.
É a molécula responsável pelo início dos processos que geram cópia da molécula original de ácido nuclêico (replicação, transcrição, transcrição reversa ou amplificação sintética de ácidos nuclêicos, como PCR).
Síntese
Ver artigo principal: oligonucleotide synthesisOs oligonucleótidos são sintetizados quimicamente através de blocos de construção. Estes blocos de contrução são fosforamidites protegidas constituídas por nucleósidos naturais ou quimicamente modificados, ou por compostos não-nucleosídicos. A síntese de uma cadeia de oligonucleótidos é realizada através de ciclos sintéticos na direção 3' para 5'. Por cada ciclo sintético completo, um nucleótido é adicionado à cadeia. Rendimentos inferiores a 100% em cada um dos passos sintéticos do ciclo, assim como a ocorrência de reações laterais, estabelecem limites práticos na eficiência do processo. Geralmente, as cadeias de oligonucleótidos são curtas, compreendendo entre 13 a 25 monómeros, contudo podem chegar a 200 monómeros.[1] Técnicas de cromatografia líquida de alta eficiência, assim como outros métodos analíticos são utilizados para isolar a sequência desejada.
Modificações Químicas
A criação de oligonucleótidos curtos quimicamente estáveis foi o primeiro desafio no desenvolvimento de terapias ASO. Os oligonucleótidos naturais são facilmente degradados por nucleases, uma enzima que cliva os nucleótidos e é ampla em todos os tipos de células.[2] As sequências de oligonucleótidos curtas também têm fracas afinidades de ligação intrínsecas, o que contribui para a sua degradação in vivo.[3]
Modificações ao nível do esqueleto
Os análogos de organotiofosfato de nucleótidos conferem aos oligonucleótidos propriedades benéficas. A nível sintético, essas propriedades concentram-se na formação de diastereoisómeros de cada nucleótido e uma maior facilidade no acompanhamento das reacções que envolvem nucleótidos fosforotioatos. [4] Por outro lado, a nível biológico, o esqueleto organotiofosfato protege os oligonucleótidos contra a degradaçao enzimática indesejadas.[5] A modificação do esqueleto dos nucleótidos é amplamente utilizada porque pode ser alcançada com relativa facilidade e precisão na maioria dos nucleótidos.[4] A adição de fragmetos flourescentes nas extremidades 3' ou 5' estao descritas na literatura, como forma de avaliar as estruturas, dinâminas e interaçöes dos oligonucleótidos com o ambiente envolvente.[6]
- ↑ Dias N, Stein CA (March 2002). «Antisense oligonucleotides: basic concepts and mechanisms». Molecular Cancer Therapeutics. 1 (5): 347–55. PMID 12489851 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ Frazier KS (January 2015). «Antisense oligonucleotide therapies: the promise and the challenges from a toxicologic pathologist's perspective». Toxicologic Pathology. 43 (1): 78–89. PMID 25385330. doi:10.1177/0192623314551840 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ DeVos SL, Miller TM (July 2013). «Antisense oligonucleotides: treating neurodegeneration at the level of RNA». Neurotherapeutics. 10 (3): 486–97. PMC 3701770
. PMID 23686823. doi:10.1007/s13311-013-0194-5 Verifique data em: |data=(ajuda) - ↑ a b Eckstein F (April 2000). «Phosphorothioate oligodeoxynucleotides: what is their origin and what is unique about them?». Antisense & Nucleic Acid Drug Development. 10 (2): 117–21. PMID 10805163. doi:10.1089/oli.1.2000.10.117 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ Stein CA, Subasinghe C, Shinozuka K, Cohen JS (April 1988). «Physicochemical properties of phosphorothioate oligodeoxynucleotides». Nucleic Acids Research. 16 (8): 3209–21. PMC 336489. PMID 2836790. doi:10.1093/nar/16.8.3209 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ Michel BY, Dziuba D, Benhida R, Demchenko AP, Burger A (2020). «Probing of Nucleic Acid Structures, Dynamics, and Interactions With Environment-Sensitive Fluorescent Labels». Frontiers in Chemistry (em English). 8. 112 páginas. Bibcode:2020FrCh....8..112M. PMC 7059644. PMID 32181238. doi:10.3389/fchem.2020.00112
