Em 1998, o time chegou a disputar o Campeonato Brasileiro da Série C, quando conseguiu sua melhor colocação no Campeonato Paraense de Futebol, o terceiro lugar, atrás de Remo e Paysandu. Na Série C de 1998, o Vênus conquistou a 20ª posição dentre 65 times, com vinte pontos, uma posição bastante respeitável para um clube de pouca expressão do Pará. Foi eliminado pelo Moto Clube do Maranhão (4 a 0). Conforme o presidente do clube na época, Ricardo Simões, Wellington Saci, campeão no Corinthians, foi revelado no Vênus.
Seu maior título foi conquistado no ano de 2005, sagrando-se campeão da 2ª Divisão do Campeonato Paraense de Futebol de forma inédita, com folga no último jogo, pois nenhuma equipe poderia alcançá-lo. O título foi comemorado em carro dos Bombeiros, pelas ruas de Abaetetuba. Uma curiosidade neste campeonato foi a contratação do meia-atacante Arinelson, com passagem pelo Santos-SP, que se tornou o maestro do Vênus, mas que não permaneceu no clube para disputar a 1ª Divisão, pois o atleta voltou a ser visado no cenário nacional do Futebol e o clube não teve condições de mantê-lo. Repetiu o feito em 2014, quando conquistou o segundo título da "segundinha".
: Capitão
: Prata da casa (Jogador da base)
: Jogador lesionado/contundido
Erenilson
Marajó
: Campeão Invicto
e 2014
13º
3º
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