Fundado no dia 31 de outubro de 1952, o Guajará só disputou o Campeonato Rondoniense pela primeira vez em 1998, terminando na terceira colocação. No ano seguinte a equipe foi eliminada na primeira fase, e em 2000 consegue o seu primeiro título profissional na sua história, derrotando na final o Genus. Na edição do estadual em 2001, o clube foi eliminado na primeira fase, ficando na última colocação no seu grupo. Depois de 14 anos sem disputar o estadual, o Guajará voltou à ativa em 2015.
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