No primeiro turno, as oito equipes foram divididas em dois grupos e jogarão entre si, dentro de suas respectivas chaves, em jogos de ida e volta. Os dois melhores colocados de cada grupo avançarão para as semifinais e os vencedores de cada partida disputarão a final do primeiro turno. O campeão garantirá uma vaga na final do Campeonato Maranhense.
Em seguida, começa a disputa do segundo turno. As oito equipes continuarão nos grupos já atribuídos na primeira fase, mas enfrentarão os times do outro grupo. A partir daí, a competição acontecerá da mesma forma que no primeiro turno: os dois melhores de cada grupo avançarão para as semifinais, os vencedores de cada partida disputarão a final do segundo turno e o campeão garantirá uma vaga na final do Campeonato Maranhense.
Caso a mesma equipe vença os dois turnos, ela será automaticamente declarada campeã do Estadual de 2016.
A fim de determinar a classificação geral do campeonato a partir do 3º colocado, serão utilizadas todas as partidas dos dois turnos, incluindo fases classificatórias, semifinais e finais de turno. Será rebaixado para a Segunda Divisão de 2017 o último colocado na classificação geral.
Os dois primeiros colocados no Maranhense 2016 disputarão a Copa do Brasil e a Copa do Nordeste em 2017. Além disso, o campeão terá uma vaga na Série D do Brasileiro de 2016. Caso o Sampaio Corrêa vença o campeonato, o vice-campeão disputará a quarta divisão nacional, uma vez que o Sampaio Corrêa já disputará a Série B em 2016.[2]
Moto Club
Araioses
Grupo A. / 
Grupo B.
Araioses
Barra do Corda
Imperatriz
São Luís
Santa Quitéria do Maranhão
São José de Ribamar
Cordino
