O anúncio oficial da transferência para Houston saiu no dia 15 de dezembro de 2005, já valendo para a temporada 2006. Toda a estrutura do San José Earthquakes, incluindo jogadores e comissão técnica foi transferido para Houston.[3] O nome, o escudo e as cores foram mantidos pela Major League Soccer, no caso de o San José Earthquakes voltar como franquia de expansão.[3] O clube adotou primeiramente o nome de Houston 1836,[4] e logo depois adotou o nome Houston Dynamo,[5] passando a utilizar o estádio da Universidade de Houston, até que pudesse construir seu próprio estádio.[6]
As mudanças de cidade, nome, uniforme e cor trazem sorte ao time pois, logo em sua primeira participação na MLS Cup, em 2006, o Dynamo conquista o título após uma dramática decisão por pênaltis contra o New England Revolution. O Houston Dynamo entrou como um dos favoritos para a disputa da MLS Cup de 2007 e confirmou esse favoritismo conquistando o bicampeonato contra o mesmo adversário. Em 2008, chegou à final do primeiro Campeonato Pan-Pacífico e obteve o vice-campeonato. Os títulos mais as boas performances em outras competições fazem com que o Houston Dynamo seja uma das mais competitivas equipes da MLS na atualidade. A campanha realizada em 2007 também lhe deu o direito de participar da primeira Liga dos Campeões da CONCACAF, a ser realizada na temporada 2008-2009 e, pela segunda vez seguida,em da Superliga 2008 tendo chegado, pela primeira vez, à final dessa competição desclassificando o campeão do ano anterior, o Pachuca. Ficou com o vice-campeonato. Foi também vice-campeão da MLS Supporters' Shield 2008 o que habilitou a equipe a disputar pela terceira vez seguida a Superliga em 2009. Em 2008, venceu pela primeira vez a MLS Reserve Division.
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