Após participar durante anos do campeonato da liga amadora local, o Vera Cruz só veio a se profissionalizar, em 1996, para a disputa da Quarta Divisão de Profissionais, chamada à época de Segunda Divisão, visto que a Primeira era intitulada Módulo Extra, a Segunda, Módulo Especial, e a Terceira, Intermediária.
No primeiro turno perdeu a final para a Associação Esportiva XV de Novembro, mas venceu o segundo. Com a desistência da equipe de Araruama em disputar as finais, o Vera Cruz se sagrou campeão da Quarta Divisão de 1996.
Após essa curta experiência como time profissional, pediu licença à FFERJ das competições profissionais. Hoje o seu departamento de futebol se encontra desativado.
Possui apenas uma sede social que dá lugar a shows de grupos de pagode, bailes funks e outros tipos de eventos. O clube da cores vermelho e branco é presidido por Cosme da Cunha Miguel, vulgo Caju.
