O Esporte Clube São Gabriel foi fundado no dia 23 de Setembro de 2013, para ocupar o vazio deixado pela extinção do São Gabriel Futebol Clube.[1] Seu primeiro campeonato disputado foi a Série B do Gauchão (equivalente à 3ª divisão estadual) em 2014 e, já na primeira participação, a equipe conseguiu subir para a divisão de acesso do ano seguinte com o 3º lugar. No seu primeiro ano na 2ª divisão estadual, chegou até a fase final, que era no sistema de jogos todos contra todos em 2 turnos, mas ficou em 4º lugar entre os quatro finalistas e não conseguiu o acesso para a 1ª divisão do Campeonato Gaúcho do ano seguinte.
No ano de 2016, o clube se classificou à segunda fase da Divisão de Acesso no 3º lugar, mas não conseguiu passar para o quadrangular final da competição ao ficar em 4º lugar na segunda fase. O Caxias seria o campeão daquela edição da Divisão de Acesso, enquanto o Sanga permaneceria mais um ano na 2ª divisão estadual.
Os três últimos anos do São Gabriel na Divisão de Acesso foram de regularidade e fuga do rebaixamento. Em 2017, o clube lutou até o final para não ser rebaixado e decidiu a permanência no clássico contra o Guarany de Bagé, vencendo por 1 a 0 no Estádio Sílvio de Faria Corrêa. Em 2018, o time começou bem, mas acabou despencando e terminou brigando para não cair. O clube ficou em 6º lugar no Grupo A, escapando do rebaixamento mais uma vez. Em 2019, sob o comando de Celso Rodrigues, que tinha experiência na Chapecoense e em clubes do futebol do centro do país, o ano foi melhor e o São Gabriel quase chegou lá, ficando em 6º lugar com 18 pontos, a apenas dois da zona de classificação.
Na temporada de 2020, o clube tem como treinador Antônio Freitas, de vasta experiência no futebol internacional e do interior gaúcho.
Na temporada de 2024, o clube foi rebaixado para a terceira divisão gaúcha após ter ficado na lanterna da Série A2. O time gabrielense somou apenas 5 pontos em 14 jogos. Foram 2 empates, 1 vitória e 11 derrotas seguidas.[2][3]
