A melhor colocação do clube no campeonato estadual foi o 4º lugar dois anos consecutivos (2002, 2003). Em 2002, o clube participou da Série C, mas foi eliminado logo na 1ª fase após ficar atrás de Ulbra e Brasil de Pelotas no grupo 16. A colocação no campeonato estadual de 2003 deu ao time uma vaga na Copa do Brasil de 2004. Na primeira fase do mata-mata nacional, o clube eliminou o Figueirense depois de empatar por 2x2 jogando em casa e vencer por 1x0 em Santa Catarina, classificando-se para a segunda fase onde iria enfrentar o gigante Palmeiras, que tinha jogadores consagrados como o goleiro Marcos, os meias Magrão, Pedrinho e o jovem atacante Vágner Love. Na partida de ida, jogando num Sílvio de Faria Corrêa lotado, o São Gabriel venceu o então campeão da Série B por 2 a 1, com direito a pênalti perdido pela equipe paulista aos 52 minutos do segundo tempo, mas no jogo da volta, em São Paulo, perdeu por 4 a 0 e foi eliminado da competição pelo clube alviverde.
Em 2005, o São Gabriel foi rebaixado para a 2ª divisão do campeonato gaúcho e não conseguiu mais voltar para a Série A do campeonato estadual. Em 2009 se licenciou[1] e em 2013 foi extinto.
No mesmo ano em que o São Gabriel Futebol Clube deixou de existir oficialmente, um novo clube foi fundado na cidade: o Esporte Clube São Gabriel, que também manda seus jogos no Estádio Sílvio de Faria Corrêa, mas possui cores diferentes e é presidido por Roque Hermes. Em 2014, no seu primeiro ano de atividade no futebol profissional, o Sanga ficou em 3º lugar na Terceirona e subiu para a divisão de acesso do ano seguinte, onde se estabeleceu desde então.
Copa do Brasil: 2004 (2ª fase - 21º lugar)
Campeonato Gaúcho: 2002 e 2003 (4° lugar)
Terceira Divisão
Terceira Divisão
