A Capitania de Santo Amaro foi criada em 1534 como uma das quinze parcelas do território brasileiro entregues pelo rei de Portugal, Dom João III de Portugal, a donatários em regime de hereditariedade. A capitania foi doada a Pero Lopes de Sousa e ia da foz do rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, a Bertioga (de norte a sul da costa paulista).
A capitania, sem recursos naturais de importância e sem ligações com o Planalto, não se desenvolve. As únicas ações visando a ocupar o território são a construção dos Fortes de São João e São Filipe, destinados a proteção do porto de Santos, uma beneficiadora de óleo de baleia no extremo norte da ilha, na desembocadura do canal de Bertioga e a ação de alguns grupos de jesuítas para a cataquese de índios.
Com o tempo, passou a ser, na prática, parte da Capitania de São Vicente - capitania essa que passou a compartilhar com Santo Amaro o mesmo donatário a partir da década de 1620, com o triunfo do Conde de Monsanto na disputa judicial com a Condessa de Vimieiro.
↑SILVA, Maria Beatriz Nizza da; BACELLAR, Carlos de Almeida Prado; GOLDSCHMIDT, Eliana Maria Rea; NEVES, Lucia Maria Bastos Pereira Das (Org). História de São Paulo colonial. São Paulo: Editora UNESP, 2009.
