Um total de 192 equipes participaram na Liga Europa da UEFA 2009-10, das 53 associações da UEFA. As vagas foram atribuídas aos países de acordo com o seu coeficiente UEFA. O vencedor da Copa da UEFA de 2008-09 tinha garantido um lugar na fase do grupo, mesmo que não tenha obtido uma qualificação local através da sua liga nacional, salvo se qualificar para a Liga dos Campeões.
14 segundo classificados das associações 37-51 (excepto Liechtenstein)
29 terceiro classificados das associações 22-51 (excepto Liechtenstein)
3 vencedores do prémio Fair Play
Segunda ronda de qualificação (80 equipas)
23 vencedores da primeira ronda
24 vencedores da taça das associações 30-53
18 segundo classificados das associações 19-36
6 terceiro classificados das associações 16-21
6 quarto classificados das associações 10-15
3 quinto classificados das associações 7-9
Terceira ronda de qualificação (70 equipas)
40 vencedores da segunda ronda
12 vencedores da taça das associações 18-29
3 segundo classificados das associações 16-18
6 terceiro classificados das associações 10-15
3 quarto classificados das associações 7-9
3 quinto classificados das associações 4-6
3 sexto classificados das associações 1-3
Play-off (76 equipas)
35 vencedores da terceira ronda
17 vencedores da taça das associações 1-17
3 terceiro classificados das associações 7-9
3 quarto classificados das associações 4-6
3 quinto classificados das associações 1-3
15 derrotados da terceira ronda de qualificação da Liga dos Campeões
Fase de Grupos (48 equipas)
O detentor do título entraria normalmente entra nesta fase, mas para 2009-10, esta posição esta vaga. A UEFA ainda não anunciou oficialmente como preencherá a vaga, isto pressupõe que uma lista adicional equipas vai avançar a partir do play-off.
Nota: MTZ-RIPO, Vetra, Rosenborg, Rudar Velenje, Široki Brijeg e The New Saints foram originalmente sorteados para acolher a primeira mão, mas foi acordada a troca.
¹O jogo teve como resultado 0-2 mas ao minuto 88 os fãs Dinamo Bucureşti invadiu a pista de atletismo em redor do campo. A UEFA atribui um derrota por 0-3 contra o Dinamo, durante uma reunião de emergência em 25 de Agosto.[12]
Para a fase de grupos da prova entrarão também as equipas derrotadas no Play-off da Liga dos Campeões da UEFA de 2009-10. As equipas apuradas para a fase de grupos foram divididas em 4 potes, consoante os seus coeficientes na UEFA.[13]
Os primeiros classificados de fase de grupos, mais as equipas classificadas em terceiro da fase de grupos da Liga dos Campeões, entrarão no sorteio com os segundos classificados da fase de grupos e as outras quatro equipas terceiro classificadas na fase de grupos da Liga de Campeões e que obtiveram uma menor pontuação nessa competição. Nesta ronda o sorteio está condicionado a que não se possam enfrentar as equipas do mesmo grupo, nem equipas do mesmo país. Os vencedores do grupo e os quatro melhores terceiros classificados da Liga de Campeões jogarão o jogo da segunda-mão em casa.
↑ abcBeitar Jerusalem venceu a taça de Israel mas não obteve a licença da UEFA. Como Maccabi Haifa, foi o finalista vencido, se qualificou para a Liga dos Campeões, as três vagas da prova foram para os três melhores classificados do campeonato israelita.
↑ abcComo o Daugava Daugavpils, vencedor da taça local, se uniu com o Dinaburg, Dinaburg ocupará a vaga de vencedor da taça.
↑Em lugar do vencedor da taça da Arménia FC Ararat Yerevan, que não obteve a licença da UEFA.
↑Almaty, finalista vencido da taça local, fundiu-se com o FC Megasport tornando-se FC Lokomotiv Astana. Mas o novo clube não obteve a licença da UEFA. as três vagas da prova foram para os três melhores classificados do campeonato cazaquistão.
Atlético de Madrid (1º título)
Fulham
8 – 1 
Flamurtari Vlorë
Partyzan Minsk
Vėtra
Rosenborg
Irtysh
Birkirkara
Mika
Keflavík
Nõmme Kalju
Polonia Warsaw
Rudar Velenje
Llanelli
Široki Brijeg
Inter Baku
Renova
Bnei Yehuda
Ver artigo principal: Liga Europa da UEFA de 2009-10 - Fases Finais
Unirea Urziceni
Juventus
Wolfsburg
Olympique de Marseille
Rubin Kazan
Standard Liège
