O Ceilândia surgiu a partir do Dom Bosco Esporte Clube, criado em 1963 por Francisco da Silva, o "Seu Chicão". Em 1977, surgiram as primeiras tentativas no sentido de profissionalizar o Dom Bosco. Finalmente, em 27 de março de 1978, o Dom Bosco foi registrado. Um ano depois, por sugestão da então administradora de Ceilândia, Maria de Lourdes Abadia, em 23 de agosto de 1979, o estatuto do time foi alterado, mudando o nome de Dom Bosco Esporte Clube para Ceilândia Esporte Clube.
A primeira partida profissional do Ceilândia foi disputada ainda em 1979, diante do então clube mais importante do Distrito Federal: o Brasília. O Ceilândia perdeu a partida por 2x1, sendo Risadinha o autor do primeiro gol da história do Ceilândia.
A estreia do Ceilândia em um campeonato nacional foi em 1989. Nesse ano, o time conquistou o direito de participar da série B do Campeonato Brasileiro ao vencer o terceiro turno do Campeonato Metropolitano daquele ano, na Série B o Ceilândia conseguiu passar para a segunda fase, mas acabou eliminado pelo Rio Branco, terminando o campeonato na 31ª colocação dentre 96 participantes. Foi o time candango mais bem colocado naquele ano.
Em 2010, o Ceilândia entra para a história do futebol candango e deixa de ser apenas um coadjuvante, ao conquistar de forma respeitável o Campeonato Metropolitano, o Candangão 2010, ao vencer surpreendentemente o Brasiliense por 3x1 no Abadião. No jogo da volta, conseguiu segurar um empate em 2x2, após estar perdendo o jogo por 2x0. O Ceilândia quebrou uma série de seis títulos seguidos do Brasiliense, e com o triunfo, garante acesso ao Campeonato Brasileiro da Série D de 2010 e a Copa do Brasil de 2011.
Em 2012, o Gato Preto surpreendeu ao chegar as duas finais do Candangão. De forma respeitável, o Gato Preto perdeu o primeiro turno, a Taça JK, para o Luziânia por 3 a 2 na casa do adversário. Porém ganhou o segundo turno, a Taça Mané Garrincha, por 4 a 1 contra o Sobradinho também na casa do adversário. Com o resultado conquistou uma das vagas para a Copa do Brasil 2013, destinadas aos representantes do DF. Disputou a grande final contra o Luziânia, venceu o primeiro jogo por 1x0, e perdeu o segundo pelo mesmo placar, acabou se consagrando campeão dado a sua melhor campanha na primeira fase da competição. Conquistando assim o Bi Campeonato Candango e uma vaga para o Campeonato Brasileiro Série D de 2012.
O Centro de Treinamento do Ceilândia, batizado de "Cidade do Gato", é um dos centros de treinamento mais modernos da Região Centro-Oeste do Brasil. Foi construído entre 2011 e 2012 pela gestão de José Beni, ex-presidente do Gato Preto.[1] O CT fica a aproximadamente 9 quilômetros da cidade de Ceilândia.
O clube tem, como ídolos: o atacante Risadinha, autor do primeiro gol da história do clube;o volante Didão que é um dos jogadores com mais jogos com a camisa do Gato e também um dos maiores da história do clube,o atacante Cassius, o seu maior artilheiro de todos os tempos e os conhecidos Dimba e Allan Dellon, que passaram por grandes clubes brasileiros. Os três últimos participaram das campanhas vitoriosas de 2010 e 2012.
Ceilândia, 
DF, 
Brasil
Copa Verde
Temporada atual
Vice-Campeonato Brasiliense 2005, 2016 e 2017
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