Em 10 de maio de 1993 foi fundado o Elosport Capão Bonito e, nos três primeiros anos de existência, participou apenas de competições amadoras. Mesmo assim, conseguiu conquistar dois títulos. Em 1994, foi campeão da Liga de Tatuí. No ano seguinte, levantou a taça de campeão da Liga de Sorocaba. Em 1996, participou novamente da competição sorocabana, mas não repetiu o desempenho.
Em 1997, o clube se profissionalizou, filiou-se à Federação Paulista de Futebol e participou pela primeira vez de uma competição da entidade: o Campeonato Paulista B1B. Nos anos seguintes, até 2000, o Elosport continuou disputando o mesmo torneio e, em 2001, quando o nome da competição foi alterado, o clube passou a disputar o Campeonato Paulista B3 (Sexta Divisão). Nesta competição conseguiu o acesso e ganhou o direito de disputar a Série B2, em 2002. Todavia, a equipe não repetiu o mesmo desempenho e voltou à Série B3.
Licenciado, o clube não participou da competição, e nos dois anos seguintes disputou apenas os campeonatos das categorias de base organizados pela Federação Paulista. Em 2005, o Elosport disputou as categorias Sub 15, Sub 17 e Sub 20 e, em 2006, apenas o Sub 15 e Sub 17. Enfim, em 2007, a equipe profissional voltou às atividades e disputou o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, assim como o estadual Sub 20 - Segunda Divisão.
Em 2009, o time iniciou a segunda rodada do Campeonato Paulista com vitória sobre a equipe do Fernandóplis pelo placar de 2 a 1, o time seguiu forte e bateu o Mauaense por 3 a 2 com 3 gols de Cícero. A torcida se empolgava com os grandes resultados e estava presente em massa no estádio “José Sidney da Cunha” de Capão Bonito. Faltando duas rodadas para o encerramento da 2° Fase, o Elosport conquistava 9 pontos com a vitória por 3 a 2 contra a equipe do Taubaté que junto com o Elosport liderava o grupo 10 do paulista. Para finalizar com chave de ouro a 2° fase do grupo, o galo do sul venceu com goleada o Fernandópolis por 5 a 0. E assim o Elosport terminava a 2° Fase em 1° colocado com 15 pontos.
A terceira fase da competição foi para o azar do Elosport o oposto da segunda fase onde este terminou na liderança, o Elo se despediu da competição nesta fase onde enfrentou as equipes: Red Bull, Lemense e Barretos. No final do ano, a equipe de base sagrou-se campeã do Campeonato Paulista de Futebol - Sub-20.[2]
Cada clube pode inscrever 28 jogadores para a disputa da Segunda Divisão e relacionar no máximo, 3 jogadores acima de 23 anos por partida. Atualmente, o Elo conta com 27 jogadores. O goleiro Everton (33 anos), o zagueiro Alemão (26 anos) e os atacantes Júnior Breguetti (24 anos), Reginaldo (33 anos) e Thiago Carioca (33 anos) são os jogadores que tem mais de 23 anos.
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