No décimo ano do seu reinado teve que combater uma tentativa de golpe de Estado protagonizada pelo sumo sacerdote de Amon, Amen-hotep, que já na época de Ramessés IX surgira representado no templo de Carnaque com o mesmo tamanho que o faraó (algo que ia contra os padrões da arte egípcia e que aponta para o crescente poder dos sacerdotes de Amon). Ramessés XI garantiu a derrota do sacerdote com o recurso a mercenários líbios e a tropas vindas do sul, lideradas por Panehsi, vice-rei da Núbia. Alguns dos homens que combateram Amen-hotep, como Herihor, adquiram grande importância no Egito. Este último tornou-se o novo sumo-sacerdote de Amon e no décimo nono ano do reinado de Ramessés XI cria uma nova datação, Uhem-mesut ("Repetição do nascimento"), desta forma inserindo uma nova era na idade faraónica.
O túmulo de Ramessés foi escavado no Vale dos Reis (KV 4), mas não chegou a ser concluído e pensa-se que nem sequer foi utilizado para sepultar o faraó. Encontrava-se aberto na Antiguidade, possuindo inscrições gregas, romanas e coptas. A múmia deste soberano não foi ainda encontrada.
