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A Série A3 foi disputada por 20 clubes divididos em duas chaves regionalizadas,sendo que os quatro melhores de cada grupo avançaram à segunda fase, enquanto que os dois últimos foram rebaixados à Segunda Divisão de 2012.
Os oito classificados foram divididos em dois grupos de quatro jogando entre si em turno e returno. Os dois primeiros de cada grupo foram classificados para a Série A2 de 2012, já o primeiro colocado de cada grupo se classificaram para a fase final da competição.
Na fase final da Competição, os primeiros colocados de cada grupo da Semifinal jogaram entre si em turno e returno, sagrando-se campeão o que somou o maior número de pontos ganhos, considerados exclusivamente os resultados obtidos nesta fase.
↑O Clube Atlético Araçatuba da cidade de Araçatuba, deveria permanecer na Série A3 do campeonato paulista, porém o clube desistiu de continuar suas atividades e por isso a Associação Atlética Internacional de Bebedouro, 6º lugar da Série B do campeonato paulista, conseguiu a vaga para o acesso a série A3.
↑O Clube Votoraty da cidade de Votorantim, deveria permanecer na Série A2 do campeonato paulista, porém o clube desistiu de continuar suas atividades e por isso o Comercial, 5° lugar na A3 de 2010, ocupou a sua vaga. Com isso, a Associação Esportiva Santacruzense, 5º lugar da Série B do campeonato paulista, conseguiu a vaga para o acesso a série A3.